学校食堂在员工辞职后销毁其健康证的行为，并不直接构成违法，但可能涉及侵犯员工权益或违反健康证管理规定的问题，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 健康证的法律性质与归属

• 健康证是员工为从事食品生产经营等特定工作而办理的证件，其办理费用通常由员工承担（除非合同或单位规定由单位承担）。
• 健康证上载有员工的个人信息（如姓名、照片、健康状况等），属于员工的个人隐私信息载体。
• 从法律归属上看，健康证应归员工个人所有，单位无权擅自处置。

2. 销毁健康证可能涉及的问题

• 侵犯员工权益：若健康证由员工个人办理并支付费用，单位未经员工同意销毁，可能侵犯员工的财产权（如证件工本费）和隐私权（如个人信息被不当处理）。
• 违反健康证管理规定：根据《食品安全法》等相关规定，食品生产经营者需查验从业人员的健康证明。但法律并未明确规定单位在员工离职后应如何处理健康证。若单位销毁健康证导致员工无法提供证明，可能间接影响员工后续就业或健康证复用，但单位本身不因此直接违法。
• 合同或单位规定：若员工与单位签订的劳动合同或单位规章制度中明确约定了健康证的处理方式（如离职后归还员工），单位违反约定销毁健康证，则构成违约，需承担相应责任。

3. 法律后果与建议

• 员工维权途径：若单位擅自销毁健康证，员工可要求单位赔偿证件工本费、因无法提供健康证导致的损失（如误工费、交通费等），并可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
• 单位合规建议：为避免纠纷，单位应在员工离职时与其协商健康证的处理方式（如归还员工或由单位统一保管但不得销毁），并在合同或规章制度中明确约定。

4. 特殊情况说明

• 若健康证由单位统一办理并支付费用，单位在员工离职后可能出于管理需要销毁证件（如防止证件被冒用）。但即便如此，单位也应提前告知员工并征得同意，或通过合法程序（如注销证件编号）处理，而非直接销毁。

总结：学校食堂在员工辞职后销毁健康证的行为，虽不直接违反食品安全或劳动法律，但可能涉及侵犯员工权益或违反合同约定的问题。建议单位与员工协商处理健康证，避免纠纷；员工若认为权益受损，可依法维权。如有具体法律问题，可直接向我咨询。