结论：门店丢失员工食品健康证的行为，是否违法需分情况讨论，主要取决于该行为是否违反了相关法律法规中关于健康证管理、个人信息保护或劳动合同履行等方面的规定。以下从不同角度进行分析：
从健康证管理角度：
- 法律规定：根据《食品安全法》等相关法律法规，食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度，确保从业人员持有有效健康证明。虽然这些规定主要强调的是食品生产经营者应确保员工持有健康证，但并未直接规定丢失健康证的法律责任。
- 分析：然而，从行业规范和实际操作的角度看，门店作为食品生产经营者，有责任妥善保管员工的健康证。如果因门店管理不善导致健康证丢失，虽然不直接构成违法，但可能违反了行业内的最佳实践或内部管理规定，且可能给员工带来不便（如需要重新办理健康证）。
从个人信息保护角度：
- 法律规定：根据《个人信息保护法》等相关法律法规，任何组织、个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息，不得非法买卖、提供或者公开他人个人信息。健康证上通常包含员工的个人信息，如姓名、身份证号等。
- 分析：如果门店在丢失健康证后，未能采取合理措施防止员工个人信息泄露，或者因丢失健康证导致员工个人信息被非法获取、使用或泄露，那么门店可能构成对员工个人信息的侵犯，需要承担相应的法律责任。
从劳动合同履行角度：
- 法律规定：根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位和劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果劳动合同中明确规定了用人单位有保管员工健康证的义务，那么门店丢失健康证可能构成违约。
- 分析：即使劳动合同中没有明确规定，但根据诚实信用原则和劳动合同的目的，用人单位也有义务妥善保管员工的健康证。如果因门店的过失导致健康证丢失，且给员工造成了损失（如需要重新办理健康证的费用、时间成本等），员工有权要求门店承担相应的赔偿责任。
建议：
- 门店应立即采取措施，如发布遗失声明、加强内部管理、防止个人信息泄露等，以减轻可能带来的法律风险。
- 如果员工因此遭受了损失，门店应积极与员工沟通，协商赔偿事宜，以维护良好的劳动关系。
- 为避免类似情况再次发生，门店应建立健全的健康证管理制度，明确健康证的保管、使用、更新等流程，确保员工的健康证得到妥善保管。
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