用人单位无权销毁你使用其营业执照办理的健康证。下面我来详细解释一下：

首先，健康证是证明个人健康状况的证件，通常用于食品、餐饮、医疗等行业，以确保从业人员的健康状况符合相关要求。虽然你是使用用人单位的营业执照办理的健康证，但这并不意味着用人单位就拥有对该健康证的所有权或销毁权。

其次，从法律角度来看，健康证属于你的个人财产，受到法律的保护。用人单位无权擅自处理或销毁你的个人财产，包括健康证。如果用人单位擅自销毁你的健康证，可能构成侵犯你财产权的行为，你可以依法追究其法律责任。

最后，即使你离职了，用人单位也应该按照相关法律法规和公司规定，妥善处理你的个人信息和相关证件。如果用人单位需要收回或注销与健康证相关的手续，也应该与你进行协商，并按照法定程序进行。

综上所述，用人单位无权销毁你使用其营业执照办理的健康证。如果你遇到此类问题，可以及时向用人单位提出质疑，并寻求法律帮助。