漏打卡扣全勤奖的合法性取决于公司规章制度的制定与执行是否合法合理。具体分析如下：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定自己的规章制度，包括考勤制度和奖励制度。但这些规章制度必须经过合法程序制定，即需经过职工代表大会或工会讨论通过，并向员工公示或告知。
   • 若公司规章制度中明确规定了漏打卡将扣除全勤奖，且该规定已经过合法程序制定并告知员工，那么公司在一定程度上扣除全勤奖是合法的。

2. 漏打卡与全勤奖的关系：

   • 漏打卡并不直接等同于未出勤或工作表现不佳。员工可能因各种原因（如临时紧急任务、工作投入忘记等）而漏打卡，但这并不影响其实际出勤和工作表现。
   • 因此，若公司仅因员工漏打卡就扣除全勤奖，而未考虑其实际出勤和工作表现，那么这种做法可能缺乏合理性。

3. 规章制度的合理性：

   • 公司在制定规章制度时，应确保其内容的合理性。例如，对于漏打卡的处罚措施应适中，不应过于苛刻或不合理。
   • 若公司规章制度中规定的漏打卡处罚措施显失公平，如一次漏打卡就扣除全部全勤奖，那么这种规定可能被视为不合理，从而损害员工的合法权益。

4. 员工的权益保护：

   • 员工在面临因漏打卡而被扣全勤奖的情况时，有权要求公司说明扣除依据，并有权对公司的处理决定提出异议。
   • 若员工认为公司的处理决定不合法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，漏打卡扣全勤奖的合法性取决于公司规章制度的制定与执行是否合法合理。我建议公司在制定规章制度时，应充分考虑员工的权益和实际情况，确保规章制度的合法性和合理性。同时，员工在面临相关问题时，也应积极维护自己的权益，通过合法途径寻求帮助和解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。