结论前置：若公司不承认劳动关系，您可通过收集证据证明劳动关系存在后，再依法提出被迫离职申请。以下是具体操作步骤和注意事项：

1. 收集证据证明劳动关系

公司不承认劳动关系时，您需主动收集能证明双方存在事实劳动关系的证据，这是后续维权的基础。常见证据包括：

• 书面证据：劳动合同、录用通知书、工资条、考勤记录、工作证、工牌等；
• 电子证据：微信/QQ工作群聊天记录、邮件往来（含工作安排、工资发放记录）、钉钉打卡记录等；
• 证人证言：同事的书面证言（需附证人身份证复印件及联系方式）；
• 其他证据：社保缴纳记录、个税申报记录、公司发放的福利物品（如工作服、节日礼品）等。

关键点：证据需形成完整链条，能证明您接受公司管理、从事公司安排的工作并获取报酬。若证据不足，可先向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁确认劳动关系。

2. 明确被迫离职的合法理由

根据《劳动合同法》第三十八条，劳动者可因公司违法行为被迫解除劳动合同并主张经济补偿。常见合法理由包括：

• 未及时足额支付劳动报酬（如拖欠工资、克扣奖金）；
• 未依法缴纳社会保险；
• 未提供劳动保护或劳动条件（如危险作业未配防护设备）；
• 强迫劳动或违章指挥；
• 公司规章制度违法（如要求员工承担个人费用、罚款等）。

注意：若公司仅不承认劳动关系，但未出现上述违法行为，您需先通过法律程序确认劳动关系，再以“未签订书面劳动合同”等理由主张权益（此时可能主张双倍工资差额，而非经济补偿）。

3. 提出被迫离职的流程

• 书面通知公司：以EMS邮寄《被迫解除劳动合同通知书》，注明离职理由（如“因公司未依法缴纳社会保险，现依据《劳动合同法》第三十八条解除劳动合同”），并保留邮寄凭证。
• 同步申请劳动仲裁：若公司拒不认可，您需在离职后1年内申请劳动仲裁，主张：
  1. 确认劳动关系；
  2. 支付被迫离职的经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
  3. 补缴社保或赔偿损失（如无法补缴导致的医疗、养老损失）；
  4. 其他应得权益（如未休年假工资、加班费等）。

4. 特殊情况处理

• 若公司未签书面合同：您可主张自用工次月起至离职日的双倍工资差额（最长不超过11个月），但需先确认劳动关系。
• 若公司否认用工事实：可申请劳动仲裁委要求公司提交考勤记录、工资发放记录等证据，若公司拒不提交，将承担不利后果。

最后提醒：劳动关系争议需“先确认，后维权”，建议您优先收集证据并咨询专业律师制定策略。若有具体证据或细节需分析，可直接向我提问，我会为您详细解答。