当合伙承包工程协议被认定为无效后，处理方式需要遵循法律的相关规定，并确保各方的合法权益得到妥善保护。以下是一套清晰、详细且有深度的处理步骤：

一、确认协议无效的原因

首先，需要明确导致合伙承包工程协议无效的具体原因。这可能包括但不限于：

• 一方以欺诈、胁迫手段订立合同，损害国家利益；
• 恶意串通，损害国家、集体或第三人利益；
• 以合法形式掩盖非法目的；
• 损害社会公共利益；
• 违反法律、行政法规的强制性规定。

明确无效原因后，才能采取针对性的处理措施。

二、返还财产

协议被认定无效后，因该协议取得的财产应当予以返还。这包括：

• 各方投入的资金、设备、材料等；
• 合伙期间积累的财产，如工程收益、设备等。

如果财产不能返还或者没有必要返还，应当进行折价补偿。例如，如果设备已经使用且无法恢复原状，那么需要根据设备的当前价值进行折价补偿。

三、赔偿损失

有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。这包括：

• 直接损失，如为履行协议而支出的费用、因协议无效而导致的财产损失等；
• 间接损失，如因协议无效而错过的商业机会、预期收益等。

如果各方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。损失赔偿额应相当于因协议无效所造成的实际损失。

四、处理合伙期间的财产和债务

在合伙事务已开展的情况下，对于合伙期间的财产和债务，需要根据实际情况进行处理。这可能包括：

• 对合伙期间的财产进行清算，合理分配剩余财产；
• 对合伙期间的债务进行承担，根据各方的过错程度和协议约定来分担债务责任。

五、对第三人承担责任

如果因无效协议导致第三人受损，合伙人需要依据各自的过错程度对第三人承担相应的赔偿责任。这确保了第三人的合法权益得到保护。

六、协商、调解、仲裁或诉讼

如果双方就无效协议的处理无法达成一致，可以通过以下方式解决：

• 协商：双方直接进行沟通，寻求共识；
• 调解：由第三方介入，协助双方达成和解；
• 仲裁：如果合同中有仲裁条款，可以申请仲裁；
• 诉讼：如果没有仲裁条款，可以向法院提起诉讼。

七、重新确定权利义务关系

合伙协议无效会打破原有的合伙安排，因此各方需要按法律规定重新确定权利义务关系。这包括重新协商合伙条款、签订新的合伙协议等。

综上所述，合伙承包工程协议无效后的处理需要遵循法律程序，确保各方的合法权益得到妥善保护。通过明确无效原因、返还财产、赔偿损失、处理合伙期间的财产和债务、对第三人承担责任以及通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，可以有效地处理合伙协议无效后的问题。