二人合伙承包建设工程的协议是否无效，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议有效的情形

1. 主体适格且意思表示真实：

   • 合伙人必须具备相应的民事行为能力，即年满18周岁、精神状况正常，能够独立实施民事法律行为。
   • 双方在签订协议时，应基于真实意愿达成合作意向，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。例如，关于出资比例、利润分配、风险承担等核心条款，应经过充分协商后自愿签订。

2. 内容合法合规：

   • 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。具体条款如工程承包方式、质量标准、工期等应符合建筑行业相关法律法规和规范要求。
   • 特别需要注意的是，根据《建筑法》的相关规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。因此，合伙人中至少一方应具备法定的工程承包资质，否则协议可能因违反法律强制性规定而无效。

3. 形式符合要求：

   • 工程合作承包协议通常应采用书面形式，并明确双方的权利和义务。此外，根据法律法规或行业惯例，可能还需要满足特定的签字盖章等形式要件。

二、协议无效的情形

1. 缺乏资质或违法转包、分包：

   • 若双方均不具备工程承包资质，或协议实质为非法转包、违法分包给无资质的个人，该协议将被认定无效。例如，无资质的个人或企业签订大型建筑工程合同，将因主体资质问题而被认定无效。

2. 损害国家、集体或第三人利益：

   • 协议内容若存在损害国家利益（如逃避税收）、集体利益（如侵占集体土地）或第三人利益（如恶意串通损害债权人利益）的情形，也将导致协议无效。

3. 违反法定程序：

   • 对于依法必须招标的工程项目，如果未经合法的招标程序，则在此基础上签订的工程合作承包协议将无效。

三、协议无效的法律后果及建议

• 法律后果：一旦协议被认定无效，合同自始没有法律约束力。双方已实际履行的部分，根据《民法典》规定，应返还因合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失；若双方均有过错，则应各自承担相应的责任。

• 建议与防范措施：

  • 在签订正式协议前，务必咨询专业的法律人士（比如我），对协议内容进行详细审查和修改，以确保其合法性和有效性。
  • 确认合伙人的资质和信誉，避免与不具备资质或信誉不佳的个人合作。
  • 明确协议条款，特别是关于出资、利润分配、风险承担、违约责任等方面的约定，以减少潜在的纠纷和风险。

综上所述，二人合伙承包建设工程的协议是否无效，取决于协议是否满足法律所规定的各项要件。为确保协议的有效性和减少法律风险，建议在签订前进行充分的法律咨询和审查。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。