个人与个人签订的工程合作协议是否有效，需根据具体情况判断，主要取决于个人是否具备相应资质、工程是否合法以及协议内容是否符合法律法规。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效的情况
个人具备相应资质：
- 分析说明：若个人拥有承包该工程所需的专业技术能力、工程经验、人员配备和资金实力，并依法取得了相关资质证书，则其签订的工程合作协议通常有效。例如，在小型家庭装修工程中，具备从业资格证书的装修工匠与业主签订的协议即为有效。
- 法律依据：虽然《中华人民共和国建筑法》主要规定的是从事建筑活动的单位应具备相应资质条件，但在某些小型、简单的工程中，若个人确实具备相应能力并取得资质，其签订的协议在法律上可被认可。
特定工程类型允许个人承包：
- 分析说明：对于某些规模较小、技术要求低或具有特殊性的工程，法律可能不强制要求承包方为企业法人。在此情况下，个人作为承包方签订的协议有效。如农村地区的小型农田水利工程、简单的乡村道路修建等，可能由有能力的个人承包。
- 法律依据：具体地区的管理办法或政策规定可能明确哪些类型的工程允许个人承包及相应条件。
协议内容合法合规：
- 分析说明：协议内容必须符合国家法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公共利益和公序良俗。若协议内容合法，且双方意思表示真实，则协议有效。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
二、协议无效的情况
个人不具备相应资质：
- 分析说明：在大型基础设施建设、高层建筑、公共建筑等对质量和安全要求较高的工程项目中，法律明确要求承包方具备企业法人资质和专业资质等级。个人若无此资质而签订协议，则协议通常无效，因其可能缺乏确保工程质量和安全的能力。
- 法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条规定，承包人未取得建筑业企业资质或超越资质等级的，建设工程施工合同无效。
违反法律法规的强制性规定：
- 分析说明：若工程合作协议内容违反环境保护、城乡规划等法律法规的强制性规定，或约定的承包方式、计价方式等违反建筑市场管理规定，即使个人具备资质，协议也可能无效。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗：
- 分析说明：若协议内容本身违背公序良俗，同样可能导致协议无效。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违背公序良俗的民事法律行为无效。
其他违法情况：
- 分析说明：若协议签订时非自愿、存在欺诈胁迫等情形，同样可能导致协议无效。
- 法律依据：依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，上述情形下的民事法律行为均属无效。
三、建议与风险提示
- 签订前审查资质：在签订工程合作协议前，务必审查对方是否具备相应的资质和条件，确保协议的有效性。
- 明确协议内容：协议内容应明确、具体，包括工程范围、工期、质量标准、付款方式等关键条款，以避免未来产生纠纷。
- 咨询专业意见：对于复杂的工程合作协议，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
- 注意法律风险：若协议无效，可能面临返还财产、赔偿损失等法律后果。因此，在签订协议前应充分评估法律风险。
总结来说，个人与个人签订的工程合作协议是否有效，需根据具体情况判断。在签订协议前，务必审查对方资质、明确协议内容，并咨询专业律师的意见，以降低法律风险。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。