针对“承包协议无效时，内部承包人借款如何处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若借款行为与承包协议无关，属于独立民事法律关系
   即使承包协议被认定无效，内部承包人以个人名义向第三方借款的行为，原则上仍需按借款合同约定履行还款义务。因借款合同的效力独立于承包协议，除非能证明出借人明知承包协议无效仍恶意出借（如存在串通损害他人利益情形），否则借款关系不受承包协议无效影响。此时，内部承包人需自行承担还款责任，发包方通常无需对借款承担连带清偿义务。

2. 若借款行为与承包协议直接相关，且借款用于承包项目

   • 若发包方实际参与借款或提供担保：例如发包方在借款合同中作为共同借款人、担保人签字，或通过书面文件明确承诺偿还借款，则发包方需与内部承包人共同承担还款责任。
     
   • 若发包方未参与借款，但借款实际用于项目且发包方受益：根据《民法典》第157条“民事法律行为无效后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”，若发包方因承包协议无效存在过错（如未审查承包人资质、违规发包等），且借款实际用于项目支出（如材料采购、工人工资等），发包方可能需在受益范围内承担补充赔偿责任。但需注意，此情形下发包方的责任范围通常以“实际受益部分”为限，而非全额承担借款。
     
   • 若借款未用于项目，或发包方无过错：若内部承包人将借款挪作他用（如个人消费、投资其他项目等），或发包方对承包协议无效无过错（如已尽到合理审查义务），则借款仍由内部承包人个人承担，发包方不承担责任。

3. 若借款行为涉嫌“名为借款，实为承包协议款项”
   实践中，部分发包方与内部承包人可能通过“借款”形式变相支付工程款、管理费等。若能证明借款实质是承包协议项下的资金往来（如借款金额与项目预算高度吻合、借款用途明确指向项目支出、双方约定以项目收益偿还借款等），则借款关系可能被认定为承包协议的延伸。此时，承包协议无效的后果（如返还财产、折价补偿等）将直接适用于借款关系，发包方与内部承包人需根据过错比例分担损失（如发包方违规发包需承担主要责任，内部承包人无资质施工需承担次要责任）。

建议行动步骤：

1. 梳理借款合同、承包协议、资金流向凭证（如转账记录、收据、项目支出明细等），明确借款用途及与承包协议的关联性；
   
2. 评估发包方在承包协议无效中的过错程度（如是否审查资质、是否违规干预项目等）；
   
3. 根据上述分析，与出借方协商还款方案（如分期偿还、减免部分利息等），或通过诉讼明确责任主体及分担比例。
   

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供更精准的建议。