内部承包协议无效后，代付款项利息的结算需根据无效原因、过错程度及实际损失综合判定，具体分以下情形处理：

1. 协议因违反法律强制性规定无效（如未取得资质、规避招投标等）

   • 利息主张原则：若代付款项属于“实际损失”，可要求过错方赔偿利息损失，但需证明利息与无效的因果关系（如资金占用成本）。
     
   • 利率标准：通常按中国人民银行同期同类贷款利率或LPR计算，但若能证明实际损失更高（如融资成本），可主张调整。
     
   • 过错分担：若双方均有过错，法院可能按过错比例分担利息损失（如甲方未审核资质占30%过错，乙方无资质占70%，则利息按比例分担）。
     

2. 协议因欺诈、胁迫等可撤销事由无效

   • 利息主张主体：受欺诈方（如被隐瞒资质问题的承包方）可要求对方赔偿全部利息损失，包括已付利息和预期利息损失。
     
   • 举证责任：需证明对方存在故意欺诈行为（如伪造资质文件），且利息损失与欺诈直接相关。
     

3. 代付款项性质为“借款”或“垫资”

   • 借款情形：若代付款项被认定为借款，即使协议无效，借款人仍需返还本金及法定利息（按LPR计算，自借款之日起算）。
     
   • 垫资情形：若为工程垫资，需区分是否用于合法项目：
     
     • 合法项目：可主张垫资利息（按约定或LPR），但需证明垫资事实；
       
     • 非法项目（如未批先建）：利息可能被认定为“非法所得”，不予支持或收缴。
       

实务建议：

• 固定证据：保存代付款凭证、协议文本、沟通记录等，证明款项性质及与无效的关联性；
  
• 过错评估：分析双方在协议无效中的过错程度（如甲方未尽审核义务、乙方隐瞒资质），为利息分担提供依据；
  
• 及时主张：利息损失需在诉讼中明确提出，逾期可能被视为放弃权利。
  

若涉及具体案件，可进一步提供协议内容、付款细节等，我会为您细化分析。