当内部合同无效但工程验收合格时，工程款的结算是一个需要谨慎处理的问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、结算依据与原则

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款规定，即使建设工程施工合同无效，只要建设工程经验收合格，承包人可以请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
   • 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二十四条也有类似规定，进一步明确了这一原则。

2. 结算原则：

   • 双方应首先尝试通过协商确定已完工程的价款。
   • 如果协商不成，可以委托专业的鉴定机构对工程价款进行评估。
   • 在结算时，需要扣除因合同无效而导致的额外损失，如增加的费用等。

二、具体操作步骤

1. 协商确定价款：

   • 双方应基于实际施工情况和合同约定的计价方法、标准等，进行友好协商，尝试达成一致意见。

2. 委托鉴定评估：

   • 如果协商无果，可以选择一家具有资质的鉴定机构，对工程进行详细的评估，以确定合理的工程价款。

3. 收集证据材料：

   • 在结算过程中，应收集并留存相关的证据材料，如工程验收报告、施工图纸、变更记录等，以证明实际施工情况和价款的合理性。

4. 扣除无效损失：

   • 在最终确定结算金额时，需要扣除因合同无效而产生的额外损失，确保结算结果的公正性和合理性。

5. 签订结算协议：

   • 双方就结算金额达成一致后，应签订正式的结算协议，明确结算金额、支付方式、支付时间等关键条款。

三、注意事项

1. 参照而非照搬：

   • “参照合同约定”并非完全照搬合同条款进行结算，而是要以合同约定的计价方法、标准等为基础，结合实际施工情况进行核算。

2. 固定总价与单价处理：

   • 如果合同约定了固定总价，除非有证据表明存在应调整价款的情况（如设计变更、工程量增减等），否则一般按此总价核算工程款。
   • 如果合同约定了单价，则应根据实际完成的工程量乘以单价来确定工程款数额。

3. 法律咨询与援助：

   • 在处理此类复杂问题时，建议双方寻求专业的法律咨询和援助，以确保自身权益得到充分保障。

综上所述，当内部合同无效但工程验收合格时，双方应依据相关法律法规和原则进行协商和结算。通过友好协商、委托鉴定、收集证据、扣除无效损失等步骤，最终确定合理的结算金额，并签订正式的结算协议。在整个过程中，双方应保持沟通与合作，确保结算工作的顺利进行。