针对您提出的“合同无效但工程合格怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，即便建设工程施工合同被认定为无效，但如果工程已经完工且质量合格，那么承包人仍然有权请求参照原合同中关于工程价款的约定进行折价补偿。这一处理原则主要是基于保护承包人的合理投入，并平衡双方利益关系的考虑。具体来说，承包人已经为工程投入了成本，包括材料、人工等费用，按照约定支付价款是对其投入的一种合理回报。
在处理此类问题时，我们需要遵循以下几个步骤：
确认合同无效的原因：
- 建设工程施工合同可能因多种原因被认定为无效，如违反法律法规的强制性规定、违背公序良俗、存在欺诈胁迫等情形。明确合同无效的具体原因是后续处理的基础，有助于我们更准确地判断双方的责任和权益。
对工程质量进行全面评估：
- 尽管合同无效，但工程的质量问题仍然是处理此类问题的关键。我们需要对工程的外观、结构、功能等方面进行全面检查，确保其符合相关标准和要求。这是确定折价补偿金额的重要依据，也是保护发包人利益的重要环节。
协商折价补偿事宜：
- 在确认工程合格后，双方应本着公平、合理的原则协商折价补偿事宜。这包括确定折价补偿的金额、支付方式、支付时间等具体内容。为了确保双方权益得到法律保障，建议签订书面补充协议，明确双方的权利和义务。
处理修复费用问题：
- 如果工程初验不合格但经修复后验收合格，那么修复费用应由承包人承担。这是因为承包人对工程质量负有基本保证责任。如果经修复后仍验收不合格，那么承包人无权请求折价补偿，并且如果发包人对工程不合格也有过错，那么发包人也应承担相应责任。
依法解决争议：
- 如果双方在协商过程中无法达成一致意见，或者一方拒绝履行补充协议，那么可以通过法律途径解决争议。这包括向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行裁决。在处理过程中，应严格遵守相关法律法规和程序规定，确保处理结果的合法性和有效性。
此外，还需要注意的是，即使合同无效，如果工程经验收合格，承包人仍然享有优先受偿权。同时，实际施工人在一定条件下也有权向发包人主张权利。这些法律后果都需要我们在处理此类问题时予以充分考虑。
综上所述，对于合同无效但工程合格的情况，我们应依据相关法律法规和公平、合理的原则进行处理。通过协商折价补偿事宜、签订书面补充协议、处理修复费用问题以及依法解决争议等步骤，我们可以确保双方权益得到公平、合理的保护。如果遇到此类纠纷，建议咨询专业律师以获取具体法律建议。