在建设工程合同无效但工程验收合格的情况下，处理方式主要依据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，具体如下：

1. 支付工程价款
   根据《民法典》第七百九十三条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十四条，承包人有权请求参照合同约定支付工程价款。即使合同无效，只要工程经竣工验收合格，发包人仍需支付对应价款。这一规则体现了“折价补偿”原则，即无效合同下，承包人投入的劳务、材料等成本应通过折价方式获得补偿，而验收合格是折价补偿的前提。

2. 工程价款的调整规则
   若合同中关于工程价款的约定存在显失公平（如明显高于或低于市场价），法院可能根据实际成本、市场行情等因素调整价款。例如：

• 合同约定采用固定总价，但实际工程量大幅增加时，可能按实际工程量结算；
  
• 合同未约定计价标准，可参照定额标准或市场价确定。
  关键点：调整需以“实际履行情况”和“公平原则”为依据，而非单纯依赖合同无效后的自由裁量。

1. 优先受偿权的行使
   根据《民法典》第八百零七条，承包人对工程价款享有优先受偿权，且该权利不因合同无效而丧失。但需注意：
   

• 优先受偿权范围限于“工程价款”，不包括违约金、利润等；
  
• 行使期限为自工程竣工之日或合同约定竣工之日起18个月（原为6个月，2021年《民法典》实施后延长）；
  
• 需通过诉讼或仲裁程序主张，并明确优先受偿的金额和范围。

1. 质量保修责任的承担
   合同无效不影响质量保修条款的效力。根据《建设工程质量管理条例》第四十一条，承包人仍需对工程质量负责，包括：
   

• 在保修期内承担免费维修义务；
  
• 因质量问题造成损失的，承担赔偿责任。
  例外：若质量问题由发包人提供的设计、材料等导致，承包人可免责或减轻责任。

1. 损失赔偿的认定
   若合同无效导致一方损失（如停工损失、材料浪费等），法院可能根据双方过错程度分担责任。例如：
   

• 发包人未取得规划许可导致合同无效，可能承担主要过错；
  
• 承包人挂靠资质导致合同无效，可能自行承担部分损失。
  关键证据：损失金额需通过发票、合同、鉴定报告等证明，过错比例需结合具体行为认定。

实务建议：

1. 合同无效后，承包人应第一时间固定“工程验收合格”的证据（如竣工验收报告、监理签字文件）；
   
2. 发包人若拒绝支付价款，承包人需在优先受偿权期限内起诉，并明确主张优先权；
   
3. 双方均可委托造价鉴定机构对工程价款进行评估，避免争议；
   
4. 若涉及质量纠纷，建议委托第三方检测机构出具质量鉴定报告。
   

如有具体案件细节（如合同条款、验收过程、损失情况等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。