结论前置：当工程竣工验收合格但合同无效时，承包人有权请求参照合同约定折价补偿，同时需根据具体情况处理修复费用、损失赔偿等事宜，确保双方权益得到公平、合理的保护。
详细分析：
合同无效的确认与影响：
- 建设工程施工合同可能因违反法律法规的强制性规定、违背公序良俗、存在欺诈胁迫等情形而被认定为无效。合同无效意味着双方原本约定的权利和义务不再受法律保护，但这并不影响工程验收合格这一事实的法律效力。
折价补偿原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条的规定，建设工程施工合同无效，但工程验收合格的，承包人有权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。这一原则旨在保护承包人的合理投入，同时平衡双方的利益关系。
- 具体操作：折价补偿的金额通常基于原合同中约定的工程款，但法院或仲裁机构可能会根据实际情况，如实际投入的成本、利润等因素进行综合调整，确保公平合理。
修复费用的承担：
- 如果工程在初验时不合格，但经修复后验收合格，修复费用应由承包人承担。这是因为承包人对工程质量负有基本保证责任，修复费用是其履行合同义务的一部分。
- 特殊情况：若发包人对工程不合格也有过错，如提供了错误的施工图纸或材料等，那么发包人也应承担相应的修复费用。
损失赔偿：
- 合同无效可能导致一方或双方遭受损失。有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失，包括前期投入、延误损失等。
- 证据要求：在主张赔偿损失时，受损方需要提供充分的证据证明其损失的存在以及损失与对方过错之间的因果关系。例如，承包人可以提供停工、窝工的记录，以及因此产生的额外费用单据等。
协商与补充协议：
- 双方应本着公平、合理的原则协商折价补偿事宜，并建议签订书面补充协议。补充协议应明确折价补偿的金额、支付方式、支付时间等具体内容，以确保双方权益得到法律保障。
- 协商技巧：在协商过程中，双方可以邀请第三方机构或专家进行评估和调解，以促成双方达成一致意见。
法律途径解决争议：
- 如果双方无法就折价补偿事宜达成一致意见，或一方拒绝履行补充协议，可通过法律途径解决争议。这包括向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行裁决。
- 诉讼准备：在提起诉讼前，双方应收集并整理好相关证据材料，如合同文本、验收报告、修复费用单据等，以便在诉讼过程中支持自己的主张。
其他注意事项：
- 即使合同无效，但工程已验收合格并投入使用，承包人仍有权要求支付工程款。不过，法院可能会根据实际情况调整数额，以确保公平合理。
- 双方在签订合同时应谨慎审查合同条款，确保合同内容合法有效，以避免后续纠纷的发生。
举例说明：
假设某建设工程施工合同因违反法律法规而被认定无效，但工程已完工并经验收合格。此时，承包人可以参照原合同中约定的工程款向发包人请求折价补偿。如果工程在初验时不合格，但经承包人修复后验收合格，修复费用应由承包人承担。如果发包人对工程不合格也有过错，如提供了错误的施工图纸，那么发包人也应承担相应的修复费用。双方可以协商签订书面补充协议，明确折价补偿的金额和支付方式等。如果协商不成，可以通过法律途径解决争议。
总结：工程竣工验收合格但合同无效时，双方应依据相关法律法规和公平、合理的原则处理折价补偿、修复费用、损失赔偿等事宜。如有需要，可以签订书面补充协议或通过法律途径解决争议。在整个处理过程中，应遵守法律法规，确保处理结果的合法性和有效性。有问题可以直接向我咨询。