合同无效但工程竣工验收合格的情况下，工程费用原则上仍应参照合同约定支付，但需结合具体情形和法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 法律原则与依据
   根据《民法典》第793条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这一规定体现了“无效合同有效处理”的立法思路，旨在平衡双方利益，避免因合同无效导致显失公平的结果。

   • 核心逻辑：合同无效不意味着工程价款约定必然无效。若工程实际完成且质量合格，承包人投入的劳务、材料等成本应得到合理补偿，参照合同约定是最高效、公平的方式。
     
   • 例外情形：若合同约定明显偏离市场价或存在欺诈、胁迫等情形，法院可能根据实际成本、市场价等因素调整价款。

2. 支付条件与流程

   • 验收合格是前提：工程必须通过竣工验收，质量符合国家标准或合同约定。若验收不合格，承包人需承担修复费用，甚至无法主张价款。
     
   • 参照合同约定支付：双方应首先按合同约定的计价方式、支付节点等结算。例如，合同约定分阶段付款的，可按已完成阶段的比例支付。
     
   • 争议解决途径：若对价款有争议，可通过协商、鉴定（如造价咨询机构评估）或诉讼/仲裁确定最终金额。

3. 特殊情形处理

   • 发包人过错导致合同无效：如发包人未取得规划许可、未办理招投标手续等，可能需承担更多责任，甚至赔偿承包人损失（如利息、停工损失等）。
     
   • 承包人过错导致合同无效：如承包人无资质、转包或违法分包，可能面临行政处罚，但工程价款仍可参照合同主张，但利润部分可能被扣减。
     
   • 合同部分无效：若仅部分条款无效（如违约金过高），不影响其他条款效力，价款支付仍按有效部分执行。

4. 实务建议

   • 保留证据：承包人应保存好施工合同、验收报告、结算单、付款凭证等材料，以证明工程量及质量合格。
     
   • 及时主张权利：合同无效后，诉讼时效从知道或应当知道权利受损之日起算，但建议尽快通过协商或法律途径解决，避免证据灭失。
     
   • 风险防范：签订合同时，双方应确保资质合规、程序合法，避免因无效合同导致额外成本。

总结：合同无效但工程合格时，费用支付以“参照合同约定”为原则，但需结合过错、实际成本等因素调整。若您遇到具体纠纷，可提供合同文本、验收资料等，我会进一步分析支付方案及风险点。