结论前置：在建设工程合同无效但工程已竣工未验收的情况下，工程款的结算需依据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条的规定，结合工程质量的实际情况进行。若工程经验收合格，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；若工程经验收不合格，则需根据修复情况及双方约定来处理。
一、法律依据与处理原则
根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条的规定：
- 建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
- 建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
- （一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
- （二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
此外，发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。这一规定体现了法律对工程质量的高度重视，以及在合同无效情况下对双方权益的平衡保护。
二、工程质量合格时的结算
参照合同约定结算：
- 即使合同无效，只要建设工程经验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这一原则体现了对承包人实际投入和建设成果的尊重，也是法律对公平原则的体现。
- 实例说明：如甲建筑公司与乙开发商签订的建设工程施工合同被认定为无效，但工程经验收合格，甲公司可按合同约定要求乙开发商支付工程款。
折价补偿的范围：
- 折价补偿通常包括建筑材料、人工和机械等费用，但不包括因合同无效而产生的其他损失，如预期利润等。
三、工程质量不合格时的结算
修复后合格：
- 如果工程验收不合格但经修复后合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用，并从应支付的工程款中扣除。
- 实例说明：如某工程部分施工不符标准，经验收不合格后，承包人进行了修复并再次验收合格，发包人可扣除修复费用后支付剩余工程款。
修复后仍不合格：
- 如果工程经修复后仍不合格，承包人无权请求支付工程价款，并可能需赔偿发包人因此遭受的损失。
- 实例说明：如基础施工存在严重质量问题，修复后仍不合格，承包人不仅无法获得工程款，还需赔偿发包人因工程不合格而产生的额外费用，如重新施工的费用、延误工期的损失等。
四、特殊情况下的处理建议
协商与调解：
- 在合同无效且工程未验收的情况下，双方应尽量通过协商和调解解决争议，避免法律纠纷。协商和调解可以更加灵活地处理双方之间的权益分配问题。
保留证据：
- 无论是协商还是诉讼，双方都应妥善保管相关文件和资料作为证据。这些证据可能包括施工合同、施工图纸、验收报告、修复记录等，对于证明工程质量、确定工程价款等具有关键作用。
诉诸法律途径：
- 如果双方无法达成一致意见，可以通过法律途径解决争议。在这种情况下，建议双方寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到最大程度的保护。
五、注意事项
确定工程质量：
- 在结算工程款之前，首要任务是确保工程质量符合标准。只有工程质量合格，承包人才有权请求支付工程价款。
了解法律法规：
- 双方应熟悉相关法律法规和政策规定，以更好地维护自身权益并规避法律风险。例如，了解《中华人民共和国民法典》中关于建设工程施工合同无效的规定，以及相关司法解释对工程款结算的具体要求。
及时验收与结算：
- 在工程竣工后，双方应及时进行验收和结算工作。避免因拖延时间而导致证据灭失或法律关系复杂化。
综上所述，建设工程合同无效但工程已竣工未验收的情况下，工程款的结算需依据法律的规定和工程质量的实际情况进行。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，并确保工程款的合理支付。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。