当建设工程施工合同被认定为无效时，关于竣工结算的问题，确实是一个需要细致且全面考虑的环节。以下是我为您详细梳理的解答：
一、基本原则与法律依据
首先，我们要明确的是，尽管合同无效，但根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，特别是《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，如果建设工程已经竣工并且验收合格，承包人仍然有权请求参照合同中的约定来支付工程价款。这一原则旨在保障承包人的合法权益，同时也体现了对实际施工成果的尊重。
二、具体处理方式
验收合格的情形：
- 在这种情况下，承包人可以明确地请求发包人参照合同中的约定来支付工程价款。这意味着，尽管合同本身无效，但只要工程质量达标并通过了验收，发包人就需要按照合同中的价款支付方式来履行其义务。
- 如果双方对工程款的数额存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等多种方式来解决。在诉讼过程中，法院可能会委托专业的鉴定机构对工程质量和造价进行鉴定，以确保工程款的数额合理且公正。
验收不合格的情形：
- 如果工程在验收时不合格，但经过修复后合格了，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从应支付的工程款中扣除。同时，发包人仍需参照合同中的约定来支付剩余的工程价款。
- 如果工程经过修复后仍然不合格，那么承包人将无权请求参照合同中的约定来折价补偿。在这种情况下，承包人可能需要承担因施工质量问题给发包人造成的损失。
特殊情形的处理：
- 如果当事人就同一建设工程订立了数份合同，且这些合同均无效，但建设工程质量合格，那么一方当事人可以请求参照实际履行的合同中的约定来折价补偿对方。如果无法确定实际履行的合同，则可以参照最后签订的合同中的约定来处理。
- 对于因转包、违法分包等导致合同无效的情况，实际施工人有权以转包人、违法分包人为被告来起诉要求支付工程款。如果发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任，那么实际施工人也可以将发包人列为共同被告或第三人。
三、注意事项与建议
证据收集与保存：
- 在处理合同无效且涉及工程款结算的纠纷时，证据的收集和保存至关重要。承包人应妥善保管与工程施工相关的所有文件、记录、照片等证据材料，以便在需要时能够证明自己的权益。
及时主张权利：
- 一旦发现合同可能无效或存在纠纷隐患，承包人应及时采取措施来主张自己的权利。这包括与发包方进行沟通协商、寻求专业法律意见以及必要时提起诉讼或仲裁等。
遵循法定程序：
- 在处理此类纠纷时，必须严格遵循法定的程序和规定。例如，在提起诉讼前应先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷；在诉讼过程中应遵守法院的审理规则和程序要求等。
了解并熟悉相关法律法规：
- 熟悉相关法律法规和政策规定，有助于您更好地维护自身权益并规避法律风险。在处理合同无效及工程款结算问题时，了解并遵循相关法律法规是至关重要的。
综上所述，当建设工程施工合同被认定为无效时，关于竣工结算的问题需要综合考虑工程质量、合同约定及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径来解决争议，并确保工程款的合理支付。希望这些解答能够对您有所帮助。