在建设工程施工合同无效但工程验收合格的情况下，承包人主张工程价款的方式及依据可以归纳如下：
一、法律基础与原则
首先，需要明确的是，尽管建设工程施工合同可能因各种原因（如违反法律法规、违背公序良俗、存在欺诈胁迫等）被认定为无效，但只要工程已经竣工并经验收合格，承包人就有权请求参照合同约定进行折价补偿。这一原则体现了法律对承包人合理投入的保护，以及平衡双方利益关系的考量。
二、折价补偿的依据与计算
依据：
- 根据《民法典》第七百九十三条的规定，建设工程施工合同无效但工程验收合格的，承包人可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
- 同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》也提供了相关的司法解释支持。
计算：
- 折价补偿的金额通常基于原合同中约定的工程款。如果原合同中的约定不明确或存在争议，可以根据实际投入的成本、利润等因素进行综合确定。
- 在计算过程中，应确保公平合理，避免对任何一方造成不公平的损失。
三、承包人主张工程价款的步骤
确认合同无效与工程质量合格：
- 承包人需要首先确认建设工程施工合同确实无效，并收集相关证据证明这一点。
- 同时，承包人需要提供工程竣工验收合格的证明文件，如竣工验收报告等。
与发包人协商：
- 在确认合同无效和工程质量合格后，承包人应与发包人进行协商，就折价补偿的金额、支付方式、支付时间等具体内容进行沟通。
- 协商过程中，承包人应充分展示自己的证据和理由，争取达成公平合理的协议。
签订补充协议：
- 如果双方能够协商一致，建议签订书面补充协议，明确折价补偿的具体内容。
- 补充协议应详细规定双方的权利和义务，以及违约责任等条款，以确保双方权益得到法律保障。
履行与争议解决：
- 补充协议签订后，双方应严格履行各自义务。如果一方拒不履行或履行不符合约定，另一方有权依法追究其违约责任。
- 如果协商过程中无法达成一致意见，或一方拒绝履行补充协议，承包人可以通过法律途径解决争议，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行裁决。
四、注意事项
期限限制：
- 承包人在主张工程价款时，应注意优先受偿权的行使期限限制。通常，这一期限自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起算（具体期限需参考最新司法解释）。
证据准备：
- 承包人在主张工程价款时，应准备好充分的证据，包括施工合同、竣工验收报告、工程款结算单等。这些证据将有助于证明承包人的权利基础和工程质量的合格性。
法律后果：
- 合同无效后，因该合同取得的财产应予以返还；不能返还或没有必要返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应各自承担相应的责任。
综上所述，即使建设工程施工合同无效，但只要工程经过竣工验收并且质量合格，承包人仍然有权主张工程价款。在处理过程中，承包人应遵循相关法律法规和公平、合理的原则，与发包人进行协商并签订书面补充协议以确保权益。如无法协商一致，可依法通过诉讼或仲裁等途径解决争议。