当建筑工程合同被判定为无效时，处理方式主要依据工程的质量和双方的过错情况来定。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、工程质量合格的情况

如果建设工程经竣工验收合格，即使合同无效，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这是因为，尽管合同本身无效，但承包人已经按照合同要求完成了工程，并且工程达到了质量要求。在这种情况下，发包人应当按照约定支付相应的工程价款，但可能会扣除承包人的实际成本等费用。

二、工程质量不合格的情况

1. 修复后合格：如果建设工程经竣工验收不合格，但经过修复后合格，发包人可以请求承包人承担修复费用。同时，发包人应支付工程款，但修复费用会从工程款中扣除。

2. 修复后仍不合格：如果修复后的建设工程仍然不合格，承包人无权请求支付工程款。此时，因建设工程不合格造成的损失，如果发包人有过错，也应承担相应的民事责任。

三、过错责任的划分

在合同无效的情况下，双方应返还因该合同取得的财产。如果不能返还或者没有必要返还，应当折价补偿。同时，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。如果双方都有过错，应当各自承担相应的责任。例如，如果承包人违法转包导致合同无效，承包人应承担相应的赔偿责任。

四、法院的处理方式

在某些情况下，法院可能会收缴承包人、出借资质方等非法所得。例如，如果承包人借用资质中标，其非法所得可能会被法院收缴。

五、总结与建议

处理建筑工程合同无效的情况时，应首先关注工程的质量是否合格，以及双方是否存在过错。根据具体情况，双方可以协商处理或诉诸法律途径。为了避免类似情况的发生，建议在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同的合法性和有效性。同时，在施工过程中，双方应严格按照合同约定履行各自的义务，确保工程质量和进度。