当违章建筑合同被认定为无效时，处理此类问题需严格遵循相关法律法规，并充分考虑合同双方的权益。以下是对此问题的详细解答：
一、合同无效的认定
首先，要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》及《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》等相关法律法规，以违法建筑物为标的物订立的租赁合同是无效的。具体来说，如果出租的房屋未取得建设工程规划许可证，或者未按该证的规定进行建设，那么与承租人订立的租赁合同将被视为无效。不过，如果在一审法庭辩论终结前，房屋取得了相关许可证或得到了主管部门的批准，那么合同将被认定为有效。
二、合同无效后的处理原则与方式
房屋占有使用费的支付：
- 尽管合同无效，但承租人实际使用了房屋，因此需要支付相应的房屋占有使用费。这个费用通常参照原合同中约定的租金标准来确定。
财产返还与折价补偿：
- 承租人需要将租赁的违章建筑返还给出租人。
- 如果承租人对房屋进行了装修或添附，且这些装修或添附无法拆除或拆除会造成较大损失，那么出租人应给予承租人相应的折价补偿。
- 出租人如果收取了承租人的押金、租金等费用，也需要返还给承租人。
过错赔偿责任：
- 如果一方因合同无效而遭受了损失，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。例如，如果出租人明知房屋是违章建筑仍出租，导致承租人遭受了经济损失（如装修费、搬家费等），那么出租人应承担相应的赔偿责任。
- 如果双方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。这要求法院在审理案件时，根据双方的过错程度来分配责任。
三、特殊情形下的处理
- 合同部分无效：如果租赁合同中除了涉及违章建筑的部分外，其他条款仍然有效且可以独立存在，那么这些有效条款应继续履行。但这种情况较为少见，因为违章建筑的存在往往会影响整个合同的合法性。
- 实际使用费用的承担：在合同无效的情况下，承租人实际使用了违章建筑期间产生的费用（如水电费、物业费等）应由其自行承担。这部分费用不应由出租人承担，除非双方在合同中另有约定或出租人存在过错。
四、法律后果与风险
- 行政责任：对于违章建筑本身，相关行政部门可能会采取拆除、罚款等行政处罚措施。这将对出租人和承租人都产生一定的影响。
- 民事纠纷：合同无效可能导致双方产生民事纠纷，需要通过诉讼等方式解决。这不仅会耗费时间和精力，还可能对双方的信誉和财务状况造成负面影响。
五、建议与提醒
- 签订合同前仔细审查：在签订租赁合同时，务必仔细审查房屋的合法性，确保房屋具有合法的建设规划许可证等相关证件。
- 咨询专业法律人士：如果对房屋的合法性存在疑问，或者已经签订了涉及违章建筑的租赁合同，建议及时咨询专业法律人士，以了解自己的权益和义务，并寻求合适的解决方案。
综上所述，违章建筑合同无效后的处理需要遵循法律法规，并充分考虑合同双方的权益。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和司法解释的规定，确保公平合理地维护双方的合法权益。