若联合施工协议被认定为无效，处理方式主要取决于无效的原因、协议的具体内容以及实际履行情况，以下从不同角度进行分析：
一、协议无效的常见原因及法律后果
违反法律、行政法规的强制性规定：
- 若联合施工协议违反了建筑法、招投标法等相关法律法规的强制性规定，如未取得相应资质、未进行招投标程序等，该协议将被认定为无效。
- 法律后果：根据《民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
恶意串通损害国家、集体或第三人利益：
- 若联合施工协议的双方恶意串通，损害国家、集体或第三人的利益，该协议同样将被认定为无效。
- 法律后果：除上述返还财产、赔偿损失等后果外，还可能面临行政处罚或刑事责任，具体取决于损害的严重程度和性质。
以合法形式掩盖非法目的：
- 若联合施工协议实际上是为了掩盖非法目的而签订的，如逃避税收、规避监管等，该协议也将被认定为无效。
- 法律后果：同样面临返还财产、赔偿损失等后果，并可能因非法目的而受到相应的法律制裁。
二、协议无效后的具体处理方式
停止履行：
- 一旦协议被认定为无效，双方应立即停止履行协议中的义务，避免进一步扩大损失。
财产返还与折价补偿：
- 双方应就因协议取得的财产进行返还。若财产无法返还或没有必要返还，如已消耗的材料、已完成的工程部分等，应进行折价补偿。
- 计算公式（以工程部分为例）：若已完成部分工程，且该部分工程具有独立价值，可按照市场价格或评估价格进行折价补偿。具体公式可能因实际情况而异，但一般可表示为：折价补偿金额 = 已完成工程部分的市场价值（或评估价值）。
损失赔偿：
- 若因协议无效导致一方或双方遭受损失，有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失。若双方都有过错，则各自承担相应的责任。
- 赔偿范围：包括直接损失和间接损失，如因停工造成的工期延误损失、因质量问题导致的返工损失等。
协商与诉讼：
- 双方可尝试通过协商方式解决争议，达成和解协议。若协商不成，可向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。
三、特殊情况下的处理建议
若协议部分无效：
- 若协议中部分条款无效，但不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。双方应继续履行有效部分的义务，并就无效部分进行协商处理。
若涉及第三方利益：
- 若协议无效涉及第三方利益，如已签订的分包合同、材料供应合同等，双方应妥善处理与第三方的关系，避免引发新的纠纷。
在处理联合施工协议无效的问题时，建议双方保持冷静、理性，通过合法途径解决争议。若您在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。