若商家少发一瓶水且不承认，您可以通过以下步骤来维护自身权益：
一、保留关键证据
- 聊天记录：务必妥善保存与商家的所有聊天记录，包括下单时的沟通、确认收货后的反馈等。这些记录能够证明您与商家之间的交易关系以及商家可能存在的少发行为。
- 交易订单：保留好交易订单，这是证明您购买了商品且商家应发货的重要凭证。订单中通常会明确商品的数量、规格等信息，有助于您证明商家少发了商品。
- 收货凭证：如果可能的话，保留好收货时的凭证，如快递单、签收单等。这些凭证能够证明您实际收到的商品数量，与订单进行对比，从而证明商家少发了商品。
二、与商家沟通
- 明确告知：以平和、理性的态度与商家进行沟通，明确告知商家少发了一瓶水的事实，并要求商家立即采取解决措施，如补发商品或给予相应的赔偿。
- 保留沟通记录：在与商家沟通的过程中，务必保留好沟通记录，如聊天记录、电话录音等。这些记录能够证明您已经与商家进行了沟通，并尝试解决问题。
三、向电商平台投诉
- 提交证据：如果商家仍然拒不承认少发商品的行为，您可以向电商平台进行投诉。在投诉过程中，要详细向平台提供之前保留好的相关证据，包括聊天记录、交易订单、收货凭证等。
- 等待处理：电商平台会依据自身的规定和程序进行全面的调查和处理。平台通常会根据证据的真实性和有效性来判断责任归属，并采取相应的措施，如要求商家补发商品、给予赔偿或对商家进行处罚等。
四、通过法律途径解决
- 提起诉讼：如果电商平台无法有效解决该问题，或者您对电商平台的处理结果不满意，您可以通过法律途径来解决。向有管辖权的法院提起诉讼，要求商家补发少发的商品或者给予相应的赔偿。
- 准备充分证据：在诉讼过程中，之前所保留的证据的充分性将对案件的最终结果产生至关重要的影响。充分的证据能够有力地支持您的诉求，增加胜诉的几率。因此，务必确保所保留的证据真实、完整、有效。
- 寻求法律帮助：如果您对法律程序不熟悉或者担心自己的权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助。律师能够为您提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地维护自己的权益。
在处理此类纠纷时，您需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：不要因为商家的不承认而情绪激动或采取过激行为。保持冷静和理性有助于您更好地处理问题并维护自己的权益。
- 及时行动：一旦发现商家少发商品且不承认，应尽快采取行动进行维权。拖延时间可能会导致证据丢失或维权难度增加。
- 了解相关法律法规：在处理纠纷前，了解相关的法律法规和消费者权益保护政策有助于您更好地维护自己的权益并避免不必要的损失。
若您在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和指导。