遇到快递少了商家不承认的情况，你可以按照以下步骤来处理：
保留证据：
- 首先，确保你保留了所有与快递相关的证据，包括快递单、包装、商品照片（显示商品数量或缺失部分）、与商家的沟通记录等。这些证据将在后续维权过程中起到关键作用。
与商家沟通：
- 再次尝试与商家沟通，明确说明你收到的商品数量与订单不符，并提供你保留的证据。要求商家给出合理的解释和解决方案。
- 如果商家仍然不承认，你可以要求商家提供发货时的视频或照片等证据，以证明他们确实发出了你订购的全部商品。
联系快递公司：
- 如果商家无法提供满意的解决方案，你可以联系快递公司，询问他们在运输过程中是否有任何异常或损坏记录。
- 快递公司可能能够提供包裹的称重记录或运输过程中的监控视频，这些都可以作为你维权的证据。
向平台投诉：
- 如果你是在电商平台购买的商品，你可以向平台投诉商家的行为。平台通常会有专门的投诉渠道和纠纷解决机制，可以帮助你与商家协商解决问题。
- 在投诉时，提供你保留的所有证据，并详细描述问题的经过和你的诉求。
考虑法律途径：
- 如果以上步骤都无法解决问题，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买商品时享有公平交易的权利，如果商家存在欺诈行为或违反合同约定，消费者有权要求商家承担相应的法律责任。
- 你可以向当地的消费者协会或市场监管部门投诉，或者考虑向法院提起诉讼。在提起诉讼前，建议你咨询专业的律师，以了解具体的法律程序和可能的风险。
在处理此类问题时，还需要注意以下几点：
- 及时行动：一旦发现商品数量不符，应尽快与商家和快递公司联系，以免错过最佳的维权时机。
- 保持冷静：在沟通过程中保持冷静和理性，避免情绪化的言辞和行为，这有助于更好地解决问题。
- 了解法律：在维权前，了解相关的法律法规和消费者权益保护政策，这有助于你更好地维护自己的权益。
最后，如果你在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我作为专业律师，将根据你的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。