工伤行政诉讼中，如果工伤认定书被推翻，单位理论上可以要求追回已支付的医疗费。以下是对此问题的详细分析：

一. 工伤认定书的法律效力

1. 工伤认定书是支付医疗费的前提：根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定书是职工享受工伤保险待遇的凭证，包括医疗费用的支付。
2. 认定书被推翻意味着前提不存在：如果工伤认定书在行政诉讼中被法院推翻，那么职工享受工伤保险待遇的前提就不复存在，单位理论上可以基于这一点要求追回已支付的医疗费。

二. 单位追回医疗费的可能性与实际操作

1. 法律上的可能性：从法律上讲，如果工伤认定被推翻，单位有权要求职工退还已支付的工伤保险待遇，包括医疗费。
2. 实际操作的复杂性：然而，在实际操作中，单位追回医疗费可能面临诸多困难。例如，职工可能已经花费了这部分医疗费，或者因为时间跨度长、证据保存不善等原因，导致追回难度加大。

三. 建议与注意事项

1. 及时沟通协商：我建议单位在发现工伤认定书被推翻后，应及时与职工进行沟通协商，明确双方的权利和义务，尽量避免不必要的法律纠纷。
2. 保留证据，备查备用：单位应妥善保存与工伤认定和医疗费支付相关的所有证据，以备不时之需。
3. 考虑实际情况，灵活处理：在实际操作中，单位应充分考虑职工的实际情况和困难，灵活处理医疗费追回问题，避免对职工造成过大的经济压力。

综上所述，虽然工伤认定书被推翻后，单位理论上可以要求追回已支付的医疗费，但在实际操作中应综合考虑多种因素，灵活处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。