失独一方有病，另一方请假不扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工因家庭特殊情况（如失独且配偶生病）请假不扣工资，那么公司应当遵守这一约定，不扣工资是合法的。
- 如果劳动合同中没有此类约定，则需要参考公司规章制度。
公司规章制度：
- 公司规章制度中可能规定了员工请假的工资扣除标准。如果规章制度中明确规定了因家庭特殊情况请假不扣工资，那么公司应当执行。
- 如果规章制度中没有此类规定，或者规定不明确，那么公司可能会根据内部政策或惯例来决定是否扣工资。但这种情况下，公司的做法可能存在一定的法律风险，因为缺乏明确的依据。
二、从法律法规的角度
劳动法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，且应当支付病假工资或疾病救济费。但这一规定主要针对的是员工本人患病的情况。
- 对于员工因家庭特殊情况（如失独且配偶生病）请假，劳动法并没有直接规定是否扣工资。这种情况下，需要参考地方性法规或公司规章制度。
地方性法规：
- 某些地区可能出台了地方性法规或政策，对员工因家庭特殊情况请假的工资扣除问题进行了规定。如果所在地区有此类规定，公司应当遵守。
三、从情理和道德的角度
- 从情理和道德的角度来看，失独家庭本身就面临着巨大的心理和生活压力。如果一方生病，另一方需要请假照顾，那么公司在这时候给予一定的理解和支持，不扣工资或给予一定的补贴，是符合人道主义精神的。
- 然而，情理和道德并不能作为法律判断的依据。公司是否扣工资，最终还是需要依据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来决定。
建议
与公司沟通：
- 如果您或您的配偶面临这种情况，建议首先与公司进行沟通，说明家庭特殊情况，并请求公司给予理解和支持。
查阅劳动合同和规章制度：
- 仔细查阅劳动合同和公司规章制度，了解其中关于请假和工资扣除的规定。
咨询法律专业人士：
- 如果对公司的做法有疑问或不满，可以咨询法律专业人士，了解自己的权益和可能的维权途径。
如果有任何法律问题，特别是劳动纠纷方面的，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，给出专业的法律建议。