工伤员工在就工伤待遇进行仲裁时，是可以一并主张加班费等权益的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，均属于劳动争议的范畴，可以依法申请仲裁。工伤待遇作为劳动者因工作遭受事故伤害或患职业病后应享有的权益，与加班费等劳动报酬一样，都是劳动者应得的合法收入。因此，从法律原则上讲，工伤员工在仲裁工伤待遇时，有权一并主张加班费等权益。
二、仲裁请求的合并与处理
仲裁请求的合并：在劳动争议仲裁中，劳动者可以就多个与劳动争议相关的请求一并提出。这包括但不限于工伤待遇、加班费、未休年休假工资等。只要这些请求均属于劳动争议的范畴，且劳动者能够提供相应的证据支持，仲裁机构通常会一并受理并处理。
仲裁机构的处理：仲裁机构在受理劳动者的仲裁请求后，会依法组织双方进行调解或开庭审理。在审理过程中，仲裁机构会分别就每个请求进行审查，并根据事实和法律规定作出裁决。如果劳动者的请求均得到支持，仲裁机构会在裁决书中明确各项请求的金额和支付方式。
三、实际操作中的注意事项
证据的收集与提供：劳动者在主张加班费等权益时，需要提供相应的证据来证明自己的主张。这包括但不限于加班记录、工资条、考勤表等。如果劳动者无法提供充分的证据来支持自己的主张，仲裁机构可能会驳回其请求。
仲裁时效的关注：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在主张加班费等权益时，需要关注仲裁时效的问题，确保在时效期间内提出仲裁请求。
与工伤待遇的区分：虽然工伤员工在仲裁工伤待遇时可以一并主张加班费等权益，但这两者在法律性质和计算方式上存在差异。工伤待遇主要是根据工伤认定结果和伤残等级来确定赔偿金额的；而加班费则是根据劳动者的加班时间和工资标准来计算的。因此，在仲裁过程中，劳动者需要明确区分这两者，并分别提供相应的证据来支持自己的主张。
四、可能的法律后果
如果工伤员工在仲裁过程中成功主张了加班费等权益，用人单位需要按照仲裁裁决书的金额和支付方式向劳动者支付相应的费用。如果用人单位拒绝履行仲裁裁决书的义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
建议：作为工伤员工，在就工伤待遇进行仲裁时，如果同时存在加班费等未支付的劳动报酬问题，可以一并主张。但需要注意收集充分的证据来支持自己的主张，并关注仲裁时效的问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。