加班费和赔偿金是可以分开进行仲裁的。以下从几个方面为你详细分析：
一、法律性质与诉求基础
加班费属于劳动报酬的一部分，是劳动者因额外工作而应得的报酬。当用人单位未能足额支付加班费时，劳动者有权依据相关劳动法律法规，向仲裁机构提起仲裁申请，要求用人单位支付应得的加班费。而赔偿金（这里你提到的赔偿金我理解为补偿，一般指经济补偿金等）则通常与解除劳动合同的情形相关，比如用人单位违法解除劳动合同，劳动者就享有要求经济补偿的权利。这两种诉求基于不同的法律事实和法律关系，因此可以分别提出仲裁申请。
二、仲裁程序的灵活性
在仲裁程序中，劳动者可以针对不同的诉求分别提出申请。仲裁机构会根据具体的案件情况，对这些诉求进行仔细的审理和公正的裁决。这种灵活性使得劳动者能够更有效地维护自己的合法权益，避免因为将不同性质的诉求混为一谈而导致的审理复杂化或权益受损。
三、注意事项
时效性：仲裁必须在法定的时效内进行。超过时效，可能会导致劳动者的权益无法得到有效保障。因此，劳动者在发现自己的权益受到侵害时，应及时向仲裁机构提出申请。
证据提供：劳动者在申请仲裁时，要提供充分的证据来证明相关的事实，比如加班记录、劳动合同、解除劳动合同的通知等。这些证据对于仲裁机构准确判断案件事实、作出合理裁决具有重要意义。
四、实际操作建议
分别准备仲裁材料：针对加班费和赔偿金（经济补偿金）的诉求，分别准备仲裁申请书和相关证据材料。确保每个诉求都有充分的依据和证明。
关注仲裁时效：及时了解并遵守仲裁时效的规定，避免因为超过时效而丧失维权机会。
寻求专业帮助：如果对仲裁程序或法律条款不熟悉，可以寻求专业律师的帮助。律师能够提供专业的法律意见和指导，帮助劳动者更有效地维护自己的权益。
举例说明：假设某劳动者因用人单位未足额支付加班费而提起仲裁申请，同时该劳动者还因用人单位违法解除劳动合同而要求经济补偿。在这种情况下，劳动者可以分别就加班费和经济补偿的诉求向仲裁机构提出申请。仲裁机构会根据具体的案件情况，分别对这两个诉求进行审理和裁决。
综上所述，加班费和赔偿金（经济补偿金）是可以分开进行仲裁的。劳动者在维护自己权益时，应充分利用仲裁程序的灵活性，分别提出诉求并准备充分的证据材料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。