结论是：公司要求孕员工在提供先兆流产证明并休息一周后，仍要求其进行12小时上班，这一行为很可能是违法的。

一、从孕期女职工特殊保护角度分析

根据我国《女职工劳动保护特别规定》第六条：“女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。对怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长劳动时间或者安排夜班劳动，并应当在劳动时间内安排一定的休息时间。”

虽然该规定未直接提及先兆流产的情况，但先兆流产显然属于孕期女职工身体状况不能适应原劳动的情形。在此情况下，用人单位应根据医疗机构的证明，减轻女职工的劳动量或者安排其他能够适应的劳动。公司要求孕员工在休息一周后仍进行12小时上班，显然未考虑其身体状况，也未减轻其劳动量，因此很可能违反了上述规定。

二、从劳动时间与休息休假角度分析

根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。对于孕期女职工，由于其特殊的生理状况，更应得到充分的休息和保护。公司要求孕员工进行12小时上班，显然超过了法定的工作时间，也未考虑到孕期女职工需要更多的休息时间。

三、从公司责任与义务角度分析

作为用人单位，公司有责任和义务保障员工的合法权益，包括孕期女职工的特殊保护。公司应关注员工的身体状况，合理安排工作任务和工作时间，确保员工能够在健康、安全的环境下工作。公司要求孕员工在提供先兆流产证明并休息一周后仍进行12小时上班，显然未履行其应尽的责任和义务。

四、建议与措施

1. 与公司沟通：孕员工可以首先与公司进行沟通，说明自己的身体状况和医生的建议，要求公司合理安排工作任务和工作时间。
2. 向劳动监察部门投诉：如果公司拒绝调整工作任务和工作时间，孕员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求帮助和支持。
3. 寻求法律援助：如果孕员工的权益受到严重侵害，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

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