在交通事故中负主要责任且同时被认定为工伤的情况下，赔偿问题确实相对复杂，但我会为您详细梳理并解释整个赔偿流程。
一、工伤认定条件
首先，需要明确的是，在交通事故中负主要责任，并不意味着一定不能认定为工伤。根据《工伤保险条例》，如果在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，即使负主责，也可认定为工伤。但若事故发生在上下班途中，且您负主要责任，则通常无法认定为工伤。
二、赔偿流程与项目
一旦被认定为工伤，赔偿流程将涉及多个方面：
工伤认定申请：
- 用人单位应在规定时间内向社保行政部门提出工伤认定申请。
劳动能力鉴定：
- 被认定为工伤后，需进行劳动能力鉴定，以确定伤残等级。
赔偿项目：
- 医疗费：符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录、住院服务标准的费用，由工伤保险基金支付。但需注意，如果交通事故赔偿中已经支付了医疗费，工伤赔偿中将采取补差原则，不再重复支付。
- 停工留薪期工资：职工因工伤需暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。
- 一次性伤残补助金：根据伤残等级，由工伤保险基金支付一次性伤残补助金。
- 伤残津贴：经劳动能力鉴定达到伤残等级的，根据不同等级，从工伤保险基金按月支付一定比例本人工资作为伤残津贴。
- 生活护理费：经评定生活不能自理的，按不同等级支付生活护理费。
- 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：职工因工致残被鉴定为五级至十级伤残的，可以与用人单位解除或终止劳动关系，由工伤保险基金和用人单位分别支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
三、交通事故赔偿与工伤赔偿的协调
在交通事故中负主要责任且被认定为工伤的情况下，您实际上可以获得交通事故赔偿和工伤赔偿双重保障。但需注意：
- 部分项目不重复赔偿：如医疗费、误工期间工资等一次性支出项目，不支持重复赔偿。若交通事故赔偿中已支付，工伤赔偿中将补足差额部分。
- 索赔流程建议：建议先处理交通事故赔偿，通过与肇事方及其保险公司协商或诉讼等方式获得相应赔偿。同时，按照工伤认定和赔偿的程序，向用人单位和工伤保险基金申请工伤赔偿。
四、注意事项
- 及时申请：受伤后应及时收集证据，按法定程序申请工伤认定和交通事故赔偿，以免耽误自身权益。
- 保留证据：在处理过程中，要注意收集和保留相关证据，如医疗记录、交通事故责任认定书、工伤认定决定书等。
综上所述，交通事故中负主要责任且被认定为工伤的赔偿问题涉及多个方面和复杂的规定。但只要您按照法定程序操作，并积极维护自身合法权益，就能获得应有的赔偿。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。