针对您提出的“实际施工人与转包方有仲裁协议如何主张工程款”的问题，以下是一个清晰、详细、有深度的解答：
首先，我们需要明确的是，在实际施工人与转包方之间存在仲裁协议的情况下，这通常意味着双方已经就可能出现的争议约定了通过仲裁方式来解决。然而，当涉及到工程款的主张时，情况可能会更为复杂，特别是当转包方与发包方之间也存在合同关系，且实际施工人希望直接向发包人主张工程款时。
一、仲裁协议的效力
仲裁协议是双方自愿达成的，用于解决特定争议的协议。在仲裁协议有效的前提下，双方应当遵守协议约定，通过仲裁方式来解决争议。但是，这并不意味着实际施工人不能向发包人主张工程款，特别是在转包方可能无法履行支付义务或进入破产程序的情况下。
二、实际施工人向发包人主张工程款的法律依据
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第二十四条的规定，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院应当追加转包人或者违法分包人为本案第三人，在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。这一规定为实际施工人直接向发包人主张工程款提供了法律依据。
三、仲裁协议与向发包人主张工程款的关系
仲裁协议的局限性：仲裁协议主要约束的是实际施工人与转包方之间的争议。当实际施工人希望向发包人主张工程款时，仲裁协议可能并不直接适用，因为发包人并非仲裁协议的当事人。
突破合同相对性：在特定情况下，如转包方无法履行支付义务或进入破产程序，实际施工人可以依据上述法律规定，突破合同相对性，直接向发包人主张工程款。
四、实际操作建议
收集证据：实际施工人应当收集充分的证据，证明自己是工程的实际施工人，并完成了相应的施工任务。这包括但不限于施工合同、施工记录、验收报告、工程款支付凭证等。
与发包人协商：在可能的情况下，实际施工人可以尝试与发包人进行协商，要求发包人在欠付转包人的工程款范围内直接向自己支付工程款。
提起诉讼或仲裁：如果协商无果，实际施工人可以根据具体情况选择提起诉讼或仲裁。如果选择诉讼，应当依据上述法律规定，将发包人列为被告，并追加转包人为第三人。如果选择仲裁（但需注意仲裁协议可能不直接约束发包人），则可能需要考虑通过其他法律途径来主张工程款。
关注转包方动态：实际施工人应当密切关注转包方的动态，特别是当转包方可能进入破产程序时，应当及时采取措施保护自己的权益。
综上所述，虽然实际施工人与转包方之间存在仲裁协议，但这并不妨碍实际施工人在特定情况下向发包人主张工程款。实际施工人应当依据相关法律规定，收集充分证据，并采取适当的法律措施来维护自己的权益。