实际施工人虽与分包人存在仲裁条款，但仍可通过诉讼直接起诉发包人，但需满足特定条件并注意程序衔接。具体分析如下：

一、核心法律依据与程序路径

1. 突破合同相对性原则
   根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条，实际施工人可突破合同相对性，直接向发包人主张工程款，但需满足：

   • 发包人欠付转包人或违法分包人工程款；
     
   • 实际施工人已完成约定工程量且质量合格。
     此路径为诉讼程序，与仲裁条款无关，实际施工人可直接向法院起诉发包人。

2. 仲裁条款的效力范围
   仲裁条款仅约束签订方（即实际施工人与分包人），对发包人无约束力。因此：

   • 实际施工人与分包人的纠纷需通过仲裁解决；
     
   • 实际施工人与发包人的纠纷可通过诉讼解决，二者程序独立。

二、诉讼策略与注意事项

1. 同时起诉分包人与发包人
   为最大化权益，实际施工人可在同一诉讼中同时起诉分包人和发包人，但需注意：

   • 法院可能因仲裁条款驳回对分包人的起诉，仅审理与发包人的纠纷；
     
   • 若需向分包人主张权利（如违约金、利息等），需单独申请仲裁。

2. 证据准备要点

   • 实际施工人身份证明：如施工合同、工程量签证单、工资发放记录等；
     
   • 工程质量合格证明：如验收报告、监理签字文件等；
     
   • 发包人欠付工程款证据：如分包人与发包人的结算文件、付款凭证等。

3. 程序衔接风险

   • 若仲裁裁决与法院判决结果冲突（如分包人被裁定无责任，但法院判决发包人承担责任），可能引发执行难题；
     
   • 建议优先通过诉讼向发包人主张权利，同时与分包人协商仲裁或调解，以降低程序风险。

三、特殊情形处理

1. 发包人已全额支付工程款
   若发包人能证明已向分包人付清款项，实际施工人仅能向分包人主张权利（需通过仲裁），无法再起诉发包人。

2. 转包或违法分包无效
   即使合同无效，实际施工人仍可依据《民法典》第七百九十三条主张工程款，但需以工程质量合格为前提。

建议：实际施工人应优先收集发包人欠付工程款的证据，直接向法院起诉发包人；若需向分包人主张其他权利，可同步申请仲裁。具体操作可进一步向我咨询，我会结合案件细节提供详细方案。