针对您提出的问题——应签订无固定期限劳动合同，但是员工与公司签订了不续签通知书，公司应该如何处理，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当员工符合签订无固定期限劳动合同的条件时，公司不能随意终止劳动关系，否则可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任。具体来说，如果公司希望与员工续签无固定期限劳动合同，但员工却签订了不续签通知书，公司不能直接以此为由终止劳动关系。
在这种情况下，公司应该采取以下措施：
与员工进行协商： 公司应首先与员工进行深入的沟通，了解员工不续签的具体原因。可能是员工对当前的工作环境、薪资待遇、职业发展等方面存在不满，或者是有其他个人的考虑。通过协商，公司可以尝试解决员工的顾虑，看是否能够达成续签的共识。
保留相关证据： 在协商过程中，公司应保留好与员工沟通的记录，包括邮件、短信、会议纪要等，以证明公司已经尽到了合理的协商义务。这些证据在后续可能出现的法律纠纷中，将起到重要的证明作用。
依法处理： 如果经过协商，员工仍然坚持不续签，公司应严格按照法律规定处理。根据《劳动合同法》的相关规定，公司不能随意终止与符合签订无固定期限劳动合同条件的员工的劳动关系。如果公司强行终止，将需要按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
办理离职手续： 在员工明确表示不续签后，公司应按照法律规定，为员工出具终止劳动合同的证明，并在15日内办理档案和社保转移手续。这是公司的法定义务，也是保障员工后续权益的重要步骤。
关注后续事宜： 在员工离职后，公司还应关注可能出现的后续问题，如工作交接、保密义务、竞业限制等。确保员工在离职后不会给公司带来不必要的损失或风险。
综上所述，当员工符合签订无固定期限劳动合同的条件却签订不续签通知书时，公司应谨慎处理，通过协商、保留证据、依法处理等步骤，确保公司的合法权益不受损害，同时也尽量保障员工的合理权益。