针对您提出的问题“员工申请劳动仲裁时，公司给员工的社保补贴怎么办”，以下是对此问题的详细解答：

首先，我们要明确一点：在劳动仲裁期间，公司为员工缴纳社保是其法定义务，不能因仲裁纠纷而中断。这一规定是基于《中华人民共和国社会保险法》的，其中明确指出用人单位有义务为劳动者按时足额缴纳社会保险费。只要劳动关系存续，无论是否处于劳动仲裁期间，用人单位都应履行这一法定义务。

现在，我们针对您的问题进行具体分析：

1. 社保缴纳责任：

   • 在劳动仲裁期间，社保的缴纳责任仍然在单位。单位不能因仲裁而中断为员工缴纳社保。

2. 单位未按时缴纳社保的处理：

   • 若单位未按时缴纳社保，员工有权向社保经办机构投诉，并要求单位补缴。
   • 如果仲裁裁决后单位仍不缴纳社保，员工可以申请法院强制执行。

3. 社保补贴的处理：

   • 如果公司之前以社保补贴的形式发放给员工，而并未直接缴纳社保，这在劳动仲裁期间可能会引发问题。因为社保补贴并不能替代实际的社保缴纳。
   • 员工可以与单位协商，要求单位在仲裁期间将社保补贴转化为实际的社保缴纳。
   • 如果单位拒绝，员工可以将此作为劳动仲裁的一项诉求，要求单位补缴社保并退还之前发放的社保补贴（如果这部分补贴未用于实际社保缴纳）。

4. 员工自行缴纳社保的情况：

   • 在某些情况下，员工可能会选择自行缴纳社保以确保社保的连续性。这样做后，员工可以向单位索要补缴的费用或要求赔偿。

5. 法律补偿：

   • 如果单位在劳动仲裁期间违法中断社保，且因此导致员工无法享受社保待遇而遭受损失，员工有权要求单位承担赔偿责任。
   • 补偿的具体金额和方式将由劳动仲裁机构或法院根据具体情况进行裁决。

综上所述，员工在申请劳动仲裁时，对于公司给予的社保补贴应谨慎处理。建议员工与单位协商，要求单位将社保补贴转化为实际的社保缴纳，并确保社保的连续性。如果单位拒绝或未按时缴纳社保，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。