结论前置：奶茶店因员工打扫卫生迟到一次就扣钱且不算全勤的做法，其合理性取决于具体的劳动合同约定、公司规章制度以及法律法规的规定。若劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规，则可能被视为合理；反之，则可能不合理。
详细分析：
劳动合同与公司规章制度：
- 首先，需要查看你与奶茶店签订的劳动合同中，是否有关于迟到扣钱及全勤计算的具体条款。如果有，且你在签订合同时已知悉并同意这些条款，那么奶茶店按照合同约定执行是合理的。
- 其次，公司规章制度也是判断合理性的重要依据。如果奶茶店有明确的规章制度，规定了迟到扣钱及全勤的标准，且这些规定已经过合法程序制定并公示，那么员工应当遵守。
法律法规的约束：
- 然而，劳动合同和公司规章制度的内容必须遵守国家法律法规的规定。例如，劳动法规定了员工的基本权益，包括工资支付、工作时间等，奶茶店在制定相关规定时不能违反这些法律法规。
- 如果奶茶店因迟到扣钱或不算全勤的做法违反了法律法规，如扣钱数额过高、没有合理依据等，那么这种做法就是不合理的，员工有权提出异议并要求纠正。
实际情况的考量：
- 在具体判断时，还需要考虑迟到的具体情况，如迟到的时间、原因、是否对奶茶店运营造成了实际影响等。如果迟到是出于不可抗力或合理原因，且并未对奶茶店造成实质性影响，那么奶茶店过于严厉的处罚可能就显得不合理。
建议：
- 如果你认为奶茶店的扣钱及全勤计算方式不合理，可以先与奶茶店进行沟通，了解具体规定和依据，并提出你的看法和诉求。
- 如果沟通无果，你可以考虑向当地劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。
总之，奶茶店因员工打扫卫生迟到一次就扣钱且不算全勤的做法，其合理性需要综合考虑劳动合同约定、公司规章制度以及法律法规的规定。如果你对此有疑问或不满，建议及时与奶茶店沟通并寻求合适的解决方案。