结论：连锁店迟到一分钟扣一百还有两百全勤的做法，在多数情况下是不合理的，可能违反了相关法律法规。下面我将从多个角度进行分析说明。
法律角度分析
工资扣除的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在您描述的情况中，迟到一分钟即扣除一百元，这很可能超出了劳动者当月工资的20%，且未考虑扣除后工资是否低于最低工资标准，因此，这种扣除方式在法律上可能是站不住脚的。
全勤奖的设定：
- 全勤奖是用人单位为了鼓励员工按时出勤而设立的一种奖励制度。然而，这种奖励的设定应当合理，且不应与员工的合法权益相冲突。
- 如果因为迟到一分钟就剥夺员工的全勤奖，这种设定可能过于严苛，且缺乏合理性。全勤奖的设定应当考虑到员工的实际出勤情况，以及迟到、早退等轻微违规行为对整体工作的影响程度。
合理性角度分析
迟到一分钟的影响：
- 迟到一分钟对于整体工作的影响通常是微乎其微的。除非这种迟到行为频繁发生，且对工作流程造成了实质性的干扰，否则不应成为扣除工资或剥夺全勤奖的理由。
用人单位的管理方式：
- 用人单位在管理员工时，应当注重人性化和合理性。过于严苛的管理方式可能会引发员工的不满和抵触情绪，进而影响工作效率和团队凝聚力。
- 合理的考勤制度应当既能够维护用人单位的正常运营秩序，又能够保障员工的合法权益。
建议与措施
与用人单位沟通：
- 如果您认为这种扣除方式不合理，可以首先与用人单位进行沟通，表达您的观点和诉求。尝试通过协商的方式解决问题，达成双方都能接受的共识。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助机构的帮助。他们可以提供专业的法律咨询和援助，帮助您维护自己的合法权益。
了解相关法律法规：
- 作为劳动者，了解相关的法律法规是非常重要的。这可以帮助您更好地维护自己的权益，避免在劳动纠纷中处于被动地位。
总结：连锁店迟到一分钟扣一百还有两百全勤的做法，在多数情况下是不合理的，可能违反了相关法律法规。如果您遇到这种情况，建议首先与用人单位沟通，如果无法解决问题，可以寻求法律援助机构的帮助。同时，作为劳动者，了解相关的法律法规也是非常重要的。如果您还有其他法律问题，可以直接向我咨询。