结论：是否合规取决于公司规章制度的具体内容以及是否经过民主程序制定并公示，同时需确保扣除全勤不违反法律法规的强制性规定。以下从不同角度详细分析：
公司规章制度的角度：
- 规章制度内容：公司有权根据自身情况制定规章制度，包括考勤管理、全勤奖的发放条件等。如果规章制度中明确规定了迟到会扣除全勤奖，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除全勤奖的行为可能是合规的。
- 民主程序与公示：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司未按照这一程序制定或公示规章制度，那么该规章制度可能对劳动者不产生约束力，扣除全勤奖的行为也可能因此不合规。
法律法规的角度：
- 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法定情形或双方约定。全勤奖作为工资的一部分，其扣除也需符合这一原则。如果扣除全勤奖的行为没有法律依据或双方约定，那么可能构成违法克扣工资。
- 最低工资标准：在扣除全勤奖后，劳动者的工资不得低于当地的最低工资标准。如果扣除后的工资低于最低工资标准，那么公司的行为显然是不合规的。
实际操作建议：
- 核查规章制度：首先，核查公司的规章制度中是否有关于迟到扣除全勤奖的规定，以及该规定是否经过了民主程序制定并公示。
- 对比法律法规：其次，将公司的规章制度与相关法律法规进行对比，确保扣除全勤奖的行为不违反法律法规的强制性规定。
- 协商与沟通：如果认为公司的行为不合规，可以与公司进行协商和沟通，寻求合理的解决方案。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定，员工每月迟到超过3次将扣除全勤奖200元，且该规定经过了民主程序制定并公示。同时，扣除全勤奖后员工的工资仍高于当地最低工资标准。在这种情况下，公司扣除全勤奖的行为可能是合规的。但如果公司规章制度中未规定迟到扣除全勤奖，或者该规定未经过民主程序制定并公示，或者扣除后的工资低于最低工资标准，那么公司的行为就可能不合规。
后续行动建议：如果您对公司的行为有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。