药店营业款漏存一次罚款50元是否合法，取决于多个因素，包括罚款的设定是否符合法律规定、是否经过员工同意以及罚款的用途等。以下是对这一问题的详细分析：

1. 罚款设定的合法性：

   • 如果药店对营业款漏存设定罚款，这一行为本身需要符合劳动法的相关规定。在我国，用人单位对员工的罚款权是受到严格限制的，不能随意设定罚款。
   • 如果药店想要对员工进行罚款，通常需要依据公司的规章制度，并且这些规章制度需要经过民主程序制定，内容合法，且向员工公示或告知。

2. 员工同意与知情权：

   • 药店在设定罚款时，应确保员工对此有充分的知情权，并且最好是通过劳动合同或员工手册等书面形式明确告知。
   • 如果员工在入职时或工作过程中未被告知有此类罚款规定，或者罚款规定未经过合法程序制定，那么罚款的合法性可能会受到质疑。

3. 罚款的用途：

   • 合法的罚款通常用于弥补公司因员工行为而遭受的损失或作为对员工不当行为的惩戒。
   • 如果药店将罚款用于其他非法或不当用途，如私人利益等，那么罚款的合法性也会受到影响。

4. 实际操作的合规性：

   • 在实际操作中，药店应确保罚款的执行过程公平、公正，避免滥用罚款权或侵犯员工合法权益。

综上所述，药店营业款漏存一次罚款50元是否合法，并不是一个简单的“是”或“否”的问题。它取决于罚款的设定是否符合法律规定、是否经过员工同意、罚款的用途是否合法以及实际操作是否合规等多个因素。如果药店在这方面存在任何疑问或争议，建议咨询专业律师以确保合规性。如果你有其他具体的法律问题或需要进一步的咨询，可以直接向我提问。