结论：药店因员工贪几十元钱而罚款几千元，这一行为一般不合法，但具体需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 从公司规章制度的合法性角度
   • 公司制定规章制度是其管理员工的一种方式，但规章制度的内容必须符合法律法规的规定。如果公司规章制度中明确规定员工贪污几十元就要罚款几千元，这种规定很可能因处罚过重而违反法律原则。根据《劳动合同法》等相关法律规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且要公示或者告知劳动者。即便规章制度经过了合法程序制定，如果其内容本身不合理、不合法，比如罚款金额明显超出合理范围，也是不能作为处罚依据的。
   • 例如，员工贪污几十元，从性质上来说属于轻微的违规行为，而罚款几千元远远超出了员工违规行为所造成的损失以及合理的惩戒范围，这种规章制度很可能被认定为无效。
2. 从罚款的性质和法律依据角度
   • 在劳动关系中，用人单位对员工进行罚款的法律依据并不充分。目前，我国法律并没有明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。虽然一些地方性法规或者部门规章可能在特定历史时期对用人单位罚款有过相关规定，但随着法律的不断完善和发展，这些规定大多已经被废止或者不再适用。
   • 一般情况下，用人单位对于员工的违规行为，可以通过扣除绩效工资、奖金等方式进行合理的惩戒，但这种扣除也应当有明确的依据和合理的限度，不能随意扩大。而且扣除的金额应当与员工的违规行为造成的损失或者影响相适应。如果公司以罚款的名义直接从员工工资中扣除几千元，很可能违反了《工资支付暂行规定》中关于工资扣除的相关规定，即因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
3. 从员工维权的角度
   • 如果员工认为公司的罚款行为不合法，可以通过多种途径维护自己的合法权益。首先，员工可以与公司进行协商，要求公司撤销不合理的罚款决定，并退还已扣除的款项。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，责令用人单位改正违法行为，并可能对用人单位进行相应的处罚。
   • 此外，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁的方式解决与用人单位之间的纠纷。如果对仲裁结果不服，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。

建议：如果遇到这种情况，员工可以先收集相关证据，如工资条、罚款通知、公司规章制度等，然后按照上述途径维护自己的权益。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。