关于店铺（包括超市等各类商业实体）对员工进行罚款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况和相关法律法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，罚款是行政处罚的一种形式。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，罚款只能由具有行政处罚权的行政机关，在法定职权范围内，依照法定程序来实施。这意味着，作为企业的店铺，并不具备行政处罚权，因此，从原则上讲，店铺无权对员工进行罚款。

然而，在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况。比如，员工因自身过错给店铺造成了经济损失。在这种情况下，店铺依据合理的规章制度，要求员工赔偿相应的损失，这在某种程度上是具有合理性的。但这里的关键是，赔偿的金额必须合理，且不能超出员工过错应承担的范围。例如，员工因重大失误导致商品损坏或丢失，店铺可以按照成本价要求员工赔偿，但这种赔偿并非罚款，而是对损失的合理分担。

另一方面，如果店铺随意罚款，没有明确的规章制度依据，或者罚款金额过高，甚至超出了员工过错应承担的范围，那么这种行为就是不合法的。比如，员工偶尔迟到几分钟，店铺就处以高额罚款，这种行为显然不符合法律规定。

此外，即使员工给店铺造成了经济损失，店铺在从员工工资中扣除赔偿费时，也必须遵守相关法律法规。具体来说，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

那么，如果店铺对员工进行了不合理的罚款，员工应该如何维护自己的权益呢？员工可以首先尝试与店铺管理层进行沟通协商，要求其纠正违法行为并赔偿损失。如果协商不成，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，员工还可以通过法律途径，向人民法院提起诉讼。

综上所述，店铺对员工进行罚款是否合法，关键在于是否有合法合规的依据以及是否符合法定程序。店铺应当依法管理员工，尊重员工的合法权益，通过合法合规的手段来处理员工的违规行为。而员工在面对不合理罚款时，也应积极维护自己的权益。