结论：公司因员工忘记打卡一次扣款50元是否违法，需结合公司规章制度、扣款金额及目的等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度角度看
- 制度合法性基础：若公司已通过民主程序制定考勤制度（如经职工代表大会讨论），并明确将打卡作为考核依据，且该制度在员工入职时已通过劳动合同或员工手册等形式告知员工，那么该制度具有法律效力。在此情况下，公司依据制度对忘记打卡的员工进行扣款，可能具有合法性基础。
- 执行公平性要求：公司制度需对全体员工统一适用，避免选择性执法。如果公司对所有员工都执行相同的忘记打卡扣款标准，且该标准在制度中有明确规定，那么从执行公平性的角度来看，公司的做法可能是合理的。
二、从扣款金额与性质角度看
工资扣除法定限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。若员工月薪较低，单次忘打卡扣款50元可能超过其当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则公司的扣款行为可能违法。
- 计算公式：假设员工月薪为X元，当地最低工资标准为Y元，则单次扣款上限为\(0.2X\)元，且扣除后剩余工资应不低于Y元。即：\(X - 50 \geq Y\) 且 \(50 \leq 0.2X\)。若不满足这两个条件，则扣款可能违法。
扣款性质的区分：
- 合理扣款情形：如果公司能证明因员工未打卡导致无法核实出勤，且按照公司制度按旷工半天扣除相应日薪（如日薪200元，则扣除100元为合理范围，但具体需根据日薪计算），这种扣款可能被视为合理。但单次扣款50元是否合理，还需结合公司制度及日薪标准来判断。
- 不合理扣款情形：如果公司以“管理成本”名义每次扣款50元，且无法提供对应损失证明，或者扣款金额明显高于因未打卡可能给公司造成的实际损失，那么这种扣款可能被认定为变相罚款，从而违法。
三、从管理目的角度看
- 正向激励设计：合理的考勤制度应包含补救机制，如允许每月一定次数的补卡申请。如果公司制度中未提供此类补救措施，而直接对每次忘记打卡进行扣款，可能缺乏人性化管理，容易引发员工不满。
- 负面效应评估：过度依赖扣款可能导致员工抵触情绪，影响工作效率。如果公司因单次忘记打卡扣款50元而引发员工集体申诉或不满，那么公司可能需要重新评估其考勤制度的合理性和有效性。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的扣款行为违法或不合理，可以先与公司沟通协商，要求公司提供扣款的合法依据和计算方式。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应制定合法、合理、公平的考勤制度，并明确告知员工。在执行制度时，应确保扣款金额不超过法定限制，且扣款目的应与实际损失相符。同时，应提供补救机制，以体现人性化管理。
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