结论：打卡扣工资50元是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度合法性角度：
- 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了打卡制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，同时已向劳动者公示或告知，那么公司依据该制度对迟到、早退等行为进行扣款，且扣款金额合理（如每次扣款不超过当月工资的20%，且扣款后剩余工资不低于当地最低工资标准），则这种扣款行为是合法的。在此情况下，打卡扣工资50元，如果符合上述条件，即不违法。
- 违法情形：如果公司的打卡扣款制度未经民主程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，或者未向劳动者公示或告知，那么该制度对劳动者不具有约束力。此时，公司依据该制度进行扣款，即构成违法。
扣款金额合理性角度：
- 合理情形：即使公司的打卡扣款制度合法，扣款金额也需合理。一般来说，扣款金额应与劳动者的违纪行为相适应，且不得超过法定限额。如果打卡扣工资50元是针对轻微的迟到、早退行为，且该金额在合理范围内，且扣款后劳动者的工资不低于当地最低工资标准，则这种扣款行为是合法的。
- 不合理情形：如果打卡扣工资50元对于劳动者的违纪行为来说过于严厉，或者扣款后劳动者的工资低于当地最低工资标准，则这种扣款行为可能被视为违法。
实际操作角度：
- 在实际操作中，公司应确保打卡扣款制度的合法性和合理性，并严格按照制度执行。同时，公司应保留好相关证据，如打卡记录、扣款通知等，以备在劳动争议中作为证据使用。
- 劳动者在面对打卡扣款时，也应了解自己的权益和公司的规章制度，如果认为扣款不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉举报。
建议：
- 对于公司而言，应确保打卡扣款制度的合法性和合理性，并严格按照制度执行，避免引发劳动争议。
- 对于劳动者而言，应了解自己的权益和公司的规章制度，如果认为扣款不合理或违法，可以积极维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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