不合理。老板因为员工失误导致过期面包未及时处理而扣除1000元工资，这一做法在大多数情况下是不合理的，具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 分析扣款的合理性：

   • 扣款金额过大：1000元的扣款金额可能远超过员工当月工资的20%，这违反了《工资支付暂行规定》中关于扣款限额的规定。
   • 扣款依据不明确：老板应提供明确的证据，证明该过期面包导致的经济损失以及该损失与员工失误之间的直接因果关系。若无充分证据，扣款行为可能构成无故克扣工资。
   • 扣款程序不合法：用人单位在扣款前应告知员工扣款的原因、金额及依据，并给员工提供申辩的机会。若未履行这些程序，扣款行为可能违法。

3. 建议：

   • 员工应与老板沟通，了解扣款的具体原因和依据，并要求老板提供相关的证据。
   • 若老板无法提供充分证据或扣款程序不合法，员工可以拒绝接受扣款，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 员工在后续工作中应更加注意商品的保质期管理，避免类似情况再次发生。

综上所述，老板因员工失误导致过期面包未及时处理而扣除1000元工资的做法，在大多数情况下是不合理的。员工应了解自己的权益，并采取适当的措施维护自己的合法权益。