单位将十三薪和月工资合并在一起后扣个人所得税是合法的。下面我将从法律角度进行详细解释：

法律背景

根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税是对个人所得收入进行征收的税种，其计税依据是纳税人取得的各项应税所得。在工资、薪金所得方面，税法规定了对工资、薪金所得实行按月计征的方式，并明确了应纳税所得额的计算方法。

合并计税的合法性

1. 计税原则：个人所得税的计税原则是按照纳税人实际取得的收入进行计税。十三薪作为年终奖金或额外薪酬，本质上属于工资、薪金所得的一部分，因此应当纳入个人所得税的计税范围。
2. 合并计税：单位将十三薪和月工资合并在一起后扣缴个人所得税，实际上是按照税法规定，将纳税人在一个纳税年度内取得的所有工资、薪金所得进行汇总，然后按照税法规定的税率和速算扣除数进行计算和扣缴。这种做法符合税法的计税原则，因此是合法的。

实际操作中的注意事项

虽然单位将十三薪和月工资合并计税是合法的，但在实际操作中，单位应当确保以下几点：

• 准确核算收入：单位应当准确核算纳税人的工资、薪金所得，包括十三薪等额外薪酬，确保计税基础的准确性。
• 依法扣缴税款：单位应当按照税法规定的税率和速算扣除数，依法扣缴纳税人的个人所得税，并及时将税款缴入国库。
• 保护纳税人权益：单位在扣缴个人所得税时，应当尊重纳税人的合法权益，确保扣缴过程的透明性和公正性。

综上所述，单位将十三薪和月工资合并在一起后扣个人所得税是合法的，这种做法符合税法的计税原则。如果纳税人对扣缴税款有疑问或异议，可以向单位或税务机关进行咨询和申诉。