结论：工资分两个月发放，但两个月加一起扣所得税是否合法，需分情况讨论。一般情况下，若符合税法规定，这种扣税方式是合法的；但若存在故意延迟发放以规避税收等不当行为，则可能不合法。
详细分析：
税法规定基础：
- 根据我国税法，个人所得税是按照个人所得的实际金额和税法规定的税率来计算的。工资薪金所得属于个人所得税的征税范围，通常由雇主在发放工资时代扣代缴。
- 税法并未明确规定工资必须按月发放并单独扣税，而是关注于个人所得的实际金额。因此，从税法原理上讲，如果两个月工资合并发放后，按照合并后的金额和适用税率扣税，且没有违反税法的其他规定（如逃避税收、虚假申报等），那么这种扣税方式是合法的。
合法扣税的具体情形：
- 正常发放延迟：如果因为公司财务流程、银行转账等原因导致工资发放延迟，但两个月工资合并发放时，公司按照合并后的工资总额和适用税率正确扣除了个人所得税，且没有利用这种延迟发放来规避税收或其他不当目的，那么这种扣税方式是合法的。
- 特殊薪酬制度：在某些特殊情况下，如年终奖、绩效奖金等，公司可能选择与月工资分开发放或合并发放。如果合并发放时，公司按照税法规定正确计算并扣除了个人所得税，那么这种扣税方式也是合法的。
可能不合法的情形：
- 故意延迟发放以规避税收：如果公司故意将工资分两个月发放，目的是为了降低单月工资总额，从而减少个人所得税的缴纳（例如，通过分散收入来避免进入更高的税率档次），这种行为可能构成逃避税收的违法行为。
- 未正确计算或扣缴税款：无论工资是按月发放还是合并发放，公司都有义务按照税法规定正确计算并扣缴个人所得税。如果公司未正确计算或扣缴税款，导致员工少缴或未缴个人所得税，那么这种行为也是不合法的。
建议与注意事项：
- 员工角度：如果你对公司的扣税方式有疑问或担忧，建议首先与公司财务部门或人力资源部门沟通，了解具体的扣税依据和计算方法。如果沟通无果或认为公司的扣税方式存在违法行为，可以向当地税务机关举报或咨询专业律师（即向我咨询）以维护自己的合法权益。
- 公司角度：公司应严格遵守税法规定，正确计算并扣缴员工的个人所得税。在制定薪酬制度时，应充分考虑税法的相关规定，避免因为薪酬发放方式不当而引发法律风险。
示例说明：
假设某员工每月工资为5000元，按照税法规定，每月应缴纳一定金额的个人所得税。如果公司因为某种原因将该员工两个月的工资合并发放（即10000元），并在发放时按照10000元的金额和适用税率扣除了个人所得税，且没有违反税法的其他规定，那么这种扣税方式是合法的。但如果公司故意将工资分两个月发放以降低单月工资总额，从而减少个人所得税的缴纳，那么这种行为就可能构成逃避税收的违法行为。