针对“公司解除孕妇员工怎么补偿”的问题，以下是详细且清晰的解答：

首先，需要明确的是，公司无正当理由辞退怀孕员工属于违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，怀孕员工在孕期、产期、哺乳期享有特殊保护，公司不得因员工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。

若公司确实违法辞退了怀孕员工，员工有两种主要选择：

1. 要求继续履行劳动合同：

   • 员工可以与公司协商，要求恢复劳动关系，并继续履行原劳动合同。
   • 若公司拒绝或无法继续履行劳动合同，员工可以进一步采取法律措施。

2. 要求公司支付赔偿金：

   • 若员工不要求继续履行劳动合同，或劳动合同已无法继续履行，公司需按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
   • 经济补偿的计算方式如下：根据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
   • 月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

例如，若怀孕员工在公司工作了3年，月工资为5000元，那么公司违法辞退后应支付的赔偿金为：5000元/月 × 3年 × 2 = 30000元。

此外，如果孕期员工因辞退而产生了额外的医疗费用、生育相关费用等，公司也可能需要承担相应责任。这需要根据具体情况进行协商或诉诸法律程序来确定。

在申请赔偿时，员工可以先与公司进行协商。如果协商不成，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付相应的赔偿金。若仲裁结果仍不满意，员工还可以进一步向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，公司解除孕妇员工需要按照法律规定进行补偿。员工可以根据自己的实际情况选择要求继续履行劳动合同或要求公司支付赔偿金。在申请赔偿时，建议员工先与公司协商，协商不成时再采取法律措施来维护自己的权益。