毕业证领取后，实习期协议未结束期间的关系认定，应依据实际情况来判断是按实习期计算还是按劳动法计算。以下是详细分析：

1. 若已领取毕业证，且实习协议中未明确约定：

   • 在这种情况下，尽管实习期协议未结束，但由于已经领取了毕业证，学生身份已经转变为毕业生，通常意味着不再属于实习生的范畴。
   • 此时，如果继续在单位工作，且单位未提出异议，并按照正式员工的标准支付工资、提供福利待遇等，那么双方的关系更可能被视为劳动关系，应受劳动法调整。

2. 若实习协议中有特别约定：

   • 如果实习协议中明确约定了即使在领取毕业证后，仍按照实习协议执行，且双方均同意此约定，那么在此期间的关系仍应视为实习关系，受实习协议的约束。
   • 但需要注意的是，这种约定不能违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、工作时间等。

3. 考虑实际履行情况：

   • 除了协议约定外，还需要考虑实际履行情况。如果领取毕业证后，工作内容、工作时间、工资待遇等都与正式员工无异，那么即使实习协议未结束，也应认定为劳动关系。
   • 反之，如果仍然按照实习生的标准进行管理，如安排导师指导、提供实习证明等，那么可能仍被视为实习关系。

综上所述，毕业证领取后实习期协议未结束期间的关系认定，需要综合考虑协议约定、实际履行情况以及法律法规的规定。如有疑问，建议咨询单位人事部门或直接向我咨询，以明确双方的权利义务关系。