旷工三天自动离职后，不可以代签离职手续，旷工三天自动离职后，员工仍需回去办离职手续。以下是对此问题的详细分析：
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度，用人单位可以解除劳动合同。若用人单位的规章制度中明确规定了旷工三天属于严重违反规章制度的行为，且该规章制度已经过民主程序制定并向劳动者公示，那么用人单位有权解除劳动合同，并要求员工办理离职手续。
公司规章制度与劳动合同：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了旷工三天即视为自动离职，且这些规定不违反法律法规，那么公司可以依据此规定要求员工办理离职手续。此时，员工应配合公司完成离职手续的办理，包括工作交接、归还公司财物、签订离职协议等。
- 需要注意的是，离职手续的办理是双方的行为，不能由一方代签。因为离职手续涉及员工的合法权益，如薪资结算、失业金领取等，需要员工本人亲自确认和办理。
实际操作建议：
- 对于用人单位而言，建议完善规章制度，明确旷工等违纪行为的处理办法，并确保规章制度的制定和公示程序合法合规。在员工旷工达到规定天数后，应及时与员工取得联系，要求其回来办理离职手续。
- 对于劳动者而言，应了解并遵守用人单位的规章制度和劳动合同约定，避免旷工等违纪行为的发生。若因旷工被解除劳动合同，应积极配合用人单位办理离职手续，以确保自己的合法权益得到保障。
综上所述，旷工三天自动离职后，员工需要亲自回去办理离职手续，不能代签。这是为了保障双方的合法权益，避免潜在的法律纠纷。