劳动合同约定每日工作12小时是否合法，并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合判断。下面我将从工时制度、加班规定以及综合判断三个方面进行详细解释：

工时制度分析

1. 标准工时制：

   • 根据《国务院关于职工工作时间的规定》及《中华人民共和国劳动法》，我国实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时（部分规定为40小时，但普遍以44小时为标准）的工时制度。在标准工时制下，劳动合同直接约定每日工作12小时显然是不合法的。

2. 特殊工时制：

   • 包括不定时工作制和综合计算工时工作制，这两种工时制需要经劳动行政部门审批后方可实施。
   • 综合计算工时工作制：在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总工时不应超过法定标准。因此，在经过审批且计算周期内总工时不超标的情况下，约定12小时工作时间可能是合法的。
   • 不定时工作制：没有固定的工作时间限制，但企业仍需保障职工的休息休假权利。在此制度下，若用人单位能确保劳动者休息权利并得到审批，约定12小时工作时间也可能被视为合法。

加班规定分析

• 即使在特殊工时制下，劳动者实际工作达到12小时，其中超出正常工作时间的部分一般应认定为加班。
• 根据《劳动法》规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，并依法支付加班工资。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。

综合判断

• 判断劳动合同约定12小时工作时间是否合法，关键在于用人单位是否依法获得相应工时制度的审批，并确保劳动者的休息休假权利不受侵害。
• 若未经审批或未能保障劳动者休息权利，则约定每日工作12小时是不合法的。
• 用人单位应严格遵守国家法律法规，确保劳动合同的合法性，并依法支付加班工资，以保障劳动者的合法权益。

综上所述，劳动合同约定每日工作12小时的合法性需结合用人单位实行的工时制度、是否获得劳动行政部门审批以及加班工资支付情况等多方面因素综合判断。如果你对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更为详细的法律建议。