直接接触药品的人员健康检查时检验乙肝项目是不合法的。具体分析如下：

一. 法律依据明确禁止

• 根据《中华人民共和国药品管理法》第五十一条规定，药品生产企业、药品经营企业和医疗机构直接接触药品的工作人员，必须每年进行健康检查；患有传染病或者其他可能污染药品的疾病的，不得从事直接接触药品的工作。然而，此条款并未明确指出乙肝属于禁止从事药品行业的传染病。
• 国家食品药品监督管理局办公室的回复也明确指出，乙肝表面抗原携带者与患有传染病不同范围，其健康检测指标和传染病检查范围均遵守卫生部要求，国家局并未制定其他特殊要求。这表明，乙肝携带者并不等同于患有传染病的人员，不应被禁止从事直接接触药品的工作。

二. GMP文件规定笼统且已过时

• 提到的“GMP”文件（药品生产质量管理规范）中，第四章第三十二条规定企业应当采取适当措施，避免体表有伤口、患有传染病或其他可能污染药品疾病的人员从事直接接触药品的生产。这一规定对“传染病”的描述较为笼统，且已成为乙肝携带者从事药品行业的最大绊脚石。
• 事实上，随着医学的进步和法律法规的完善，乙肝已不再被视为禁止从事药品行业的传染病。因此，GMP文件中的这一规定已过时，不应再作为限制乙肝携带者从事药品行业的依据。

三. 实际案例支持

• 广州某医院为生物公司入职体检查乙肝被处罚的案例表明，卫生监管部门已根据最新的法律法规裁定乙肝携带者可以从事药品行业。这一案例为乙肝携带者从事药品行业提供了有力的法律支持。

综上所述，直接接触药品的人员健康检查时检验乙肝项目是不合法的。乙肝携带者有权从事药品行业，不应受到歧视和限制。如有进一步需要，您可以继续咨询我。