自动离职（自离）后工资的结算是一个涉及多个方面的问题，以下是对此问题的详细解答：
一、工资计算与结算标准
按实际工作天数计算：
- 工资通常会根据员工实际出勤的天数来计算。具体来说，月工资会除以月计薪天数（一般为21.75天）来得出日工资，然后再乘以实际出勤的天数。
- 对于采用计件工资制的员工，工资会根据其实际完成的工作量和计件单价来计算。
全面涵盖应得收入：
- 工资的计算应全面包括基本工资、绩效工资（如适用）、加班工资、奖金、津贴等各项应得收入，用人单位不得随意降低工资计算标准或进行克扣。
结算时间：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。即使员工是自离，也应在完成工作交接或确定实际工作情况后及时结算。
- 如果员工在约定的发薪日前决定离职，可能需要依据劳动合同或公司规章制度来执行，但用人单位必须遵守法律关于一次性付清工资的规定。
二、特殊情况处理
未办理离职手续：
- 尽管员工自离属于擅自离岗，但用人单位仍然需要按照法律规定来结算工资。
- 用人单位可以要求员工回来办理离职手续并完成工作交接。如果员工拒绝，用人单位应书面通知相关后果并保留好证据。
经济损失赔偿：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了直接经济损失，如未完成工作导致的额外费用、损坏公司财物等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 赔偿金额需要有充分的证据来支持，并且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。同时，扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。
其他扣除项目：
- 如果员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可以根据相关规定进行相应扣除，但必须确保这一行为是合法合规的。
三、法律保障与注意事项
- 遵守法律法规：用人单位在结算自离员工工资时，必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
- 员工权益维护：
- 员工在离职前应尽可能提交书面辞职申请并办理离职手续，以便公司能够顺利进行工资结算和社保账户转移。
- 如果员工认为工资结算存在不合理之处，可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。
综上所述，自动离职后的工资结算是一个复杂且涉及多个法律知识点的问题。为了确保结算过程的合法性和公正性，用人单位和劳动者双方都需要共同遵守法律法规，并明确工资计算标准、结算时间以及扣除项目等关键事项。